(一)工作准备阶段。
此阶段的工作主要有：成立机构、宣传发动、组织协调、业务培训、权属资料整理，编制工作方案，收集有关法律法规和政策文件。成立乡(镇)集体土地确权登记及土地权属纠纷调处领导小组工作机构，备登记所需表册及设备，收集资料。
市集体土地发证办公室收集：
涉及国土部门(土地详查等资料)、林业部门(林权制度改革成果资料)、农业部门(农村集体土地承包经营权证有关资料)、民政部门(行政勘界成果资料)，水利部门(水域及水利设施的有关资料)规划部门(乡(镇)新农村规划资料和有关农村测绘成果)等等。
村小组收集：主要是权属资料：
1)土改时、“四固定”或农业合作化时期的土地所有证、资料;
2)山林所有权证;
3)土地承包合同;
4)山林纠纷调解书;
5)有关农村土地权属制度的历史资料及集体土地所有权形成和演变的其它资料等。
(二)发布通告阶段。
市人民政府向辖区内集体土地所有权的农民集体经济组织发布通告。通告的内容包括土地登记区的划分、土地登记的期限、收件地点、申请人应当提交的相关文件材料，以及需要通告的其他事项。这次通告的方式主要有以下两种：一是张帖;二是直接送达申请人。
(三)提出申请及申报飞地阶段。
申请农村集体土地所有权登记，以村民小组或自然村为单位，按照权属界线所封闭的宗地为基本单元申请土地登记，由村民委员会统一组织本村所辖的村民小组或自然村提出申请，其中“一村一组”或“多村一组”的以村民小组申请，“一村多组”的以联组(自然村)申请，具体操作是：
(1)村民委员会根据政府通告内容向本村所辖的村民小组下发土地登记通知书，村民小组长收到通知后，小组法人必须在通知书上签名，以示通知已收到。
土地对于农民来说是非常重要的，而经过确权发证后的土地是受到法律保护的，一般农村集体土地登记的流程主要是向土地部门提出登记的申请，然后由土地权属进行调查，再进行注册登记，最后颁发证书。只有这样农民才能够更好的防止自己的权益受到侵害。
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