夫妻分居三年以上不算自动离婚的；婚姻关系解除的方式有两种，一是协议离婚经民政部门登记，二是到法院诉讼离婚。所以无论分居多长时间婚姻关系都不会自动解除，离婚必须通过相应的法律途径。《民法典》规定夫妻双方因感情不和分居满两年一方起诉到法院经调解无效应准予离婚，但不是分居满两年婚姻关系就自动解除，更不是离婚前必须先分居两年。法院解除婚姻关系的判断标准是夫妻感情是否破裂，而分居只是认定感情破裂的因素之一。分居时间的长短不是离婚的程序和方式。要想达到解除婚姻关系的目的必须通过法律规定的解除婚姻关系的途径去办理。
二、分居离婚的条件有哪些？
1、必须是因感情不和而分居。
夫妻分居，有客观原因造成的、感情不和造成的、以及双方自愿协议分居的等多种情况。比如，夫妻分别在两地工作，因相隔遥远而没有同居条件，或一方在外面打工无法同居的。这种夫妻分居，并不是因感情不和而造成的，即使分居的时间再长，也不符合“因感情不和而分居”的法定应准予离婚的情形。
还有的情况是，夫妻感情尚好，但由于某种原因自愿实行分居。这种情况，也不符合“因感情不和而分居”的法定应准予离婚的条件。
作为应准予离婚的法定情形的分居，必须是因夫妻感情出现问题，感情不和、感情破裂、相互厌恶而造成的分居。
2、分居必须是连续的，且已满两年。(不能累计)
首先，从夫妻实际分居的第二日算起，到向法院立案提起离婚诉讼时为止，时间必须满两年。
其次，分居必须是持续的，分居时间必须连续计算。如果分居后又同居，则应从同居后又分居的次日重新计算。不能把前后几次分居的时间累加计算。
对于夫妻因感情不和而“分居”的理解，不能只简单的理解为分开居住。有些夫妻因家庭住房条件所限，并非感情不和也在分别居住。但是，这种分居并不排除夫妻之间的性生活。他们可以利用种种办法，来满足夫妻之间的相互需要。所以，作为法定应准予离婚的夫妻分居的实质，在于夫妻因感情不和而互不履行夫妻性生活之义务，并持续长达两年。
我国民法典虽然将“因感情不和分居满两年”规定为法定的可以准予离婚的情形之一，但是，在实践中要想凭借这条规定而达到离婚之目的，却着实不易。因为，诉讼的灵魂是证据，法庭认定必须要靠证据的支持。
综合上面所说的，夫妻分居并不代表着双方的婚姻关系已经解决，而且不管是分居多少年都不会自动离婚的，必须要办理了婚姻手续才能正式的解除双方的关系，所以，在处理的时候就需要双方协商好，这样才能保障到各自的合法权益。
延伸阅读：
法院调解离婚还用办离婚证吗
