婚后分居三年是不会自动离婚的，婚姻关系不会自动解除。因感情不和分居满两年只是准许离婚的一个条件，只要能够证明因感情不和分居满两年的，法院就应当判决离婚。离婚只有两个途径：
1、登记离婚：如果双方都同意离婚，并且对夫妻共同财产的分割及子女抚养问题达成一致意见的，可以由婚姻登记机关发给离婚证。
2、如果双方在离婚、夫妻共同财产分割、子女抚养三个问题中有一个问题不能达成一致意见的，则需由法院判决能否离婚。
夫妻的婚姻关系必须经过民政局登记领证才能缔结，同居不能导致双方拥有合法的夫妻关系。与结婚一样，离婚也必须按照法律规定的程序办理，要么向民政局登记离婚，要么向法院起诉离婚，分居并不能导致夫妻自动离婚，分居多久都不可以自动离婚。
三、分居多久可以自动解除婚姻关系
有些夫妻常常认为分居两年可以自动离婚，这是因为他们误解了《婚姻法》规定的“因感情不和分居满两年的，可以认定夫妻感情确已破裂”这条规定。
首先，分居两年并不能成为离婚的理由。生活中，夫妻分居的原因有很多种，比如异地工作等等。因此，并不是只要分居就可以作为离婚的理由。按照法律的规定，必须是因为感情不和分居导致分居满两年，才可以作为离婚的理由。
其次，因感情不和导致分居满两年只是法院作为判定准予双方离婚与否的一个考虑因素，法院必须根据整个案情，判断夫妻感情是否确已破裂。
最后，因感情不和导致分居满两年不能自动离婚。法律没有规定分居可以自动离婚，离婚必须按照法律程序进行，分居两年不可以自动离婚、分居多久都不可以自动离婚。
现在社会大多数人婚后分居是因为工作原因或者是其他方面的客观原因，并不能够因此就自动离婚。当然也有些人分居，确实是因为感情不和这个时候到法院进行诉讼离婚的话，可以将这个作为证据提交给法庭。
