军婚分居是不会自动离婚的，夫妻双方出现感情不和，导致长时间分居时，双方可以在意思表示真实的前提下进行协议离婚。所以军婚分居，如果是协议方式离婚的话，其实对时间并没有要求。诉讼分居方式解除婚姻关系的，则需要夫妻分居的时间至少有两年才行。
《中华人民共和国婚姻法》的第32条的规定：因感情不和分居满两年的;经调解无效，应准予离婚。在此所指的因感情不和分居两年以上，它只是法院认定夫妻感情破裂而用来判决离婚的条件之一，也就是说分居两年只是判决离婚的其中之一的理由，而并不是必要的条件。此外，对于分居的事实，最好能够提供充足、合法的证据来进行证明，以便法院在审理时采用。
夫妻在提起离婚诉讼时，必须提出证据证明自己的主张，否则法院就不会采纳该主张。在分居离婚案件中，怎么证明分居是一个非常关键的问题。夫妻只有提出证据证明确实存在分居，法院才会承认有分居事实。如果夫妻只是声称已经分居，但却拿不出任何证据来，法院就不会认定分居事实的存在。
实践中，以下证据可以用来证明分居：
1、一方在外居住的房屋租赁合同;
2、双方签订的夫妻分居书面协议，一定是要书面的，口头协议必须对方承认;
3、一方向另一方发出的书面分居文书，最好是用快件性质邮寄，在备注栏里注明“分居”，并且保留邮寄凭证，从邮寄之日起到提起离婚期间属于夫妻分居时间;
4、双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实;
5、人证也可以，比如双方都认识的朋友或者亲戚，不过因为证人往往和为其作证的一方有利害关系及分居是夫妻“私事”，所以单独的证人证言难为法院采信，要辅佐以其他的证据。
若是与现役军人结婚，就构成了军婚，虽然说我国军人的待遇是十分优厚的，但也不存在分居时间过长就会自动离婚的情形，这是由于我国法律并没有关于自动离婚的概述。与其他普通公民的婚姻一样，分居两年后就可以此为理由，向法院提出离婚的请求。
