犯本罪的，对首要分子，处三年以上七年以下有期徒刑;其他积极参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。
本罪只追究聚众扰乱军事管理区秩序的首要分子和积极参加者的刑事责任，而不追究一般参与者。“首要分子”，是指在聚众扰乱军事管理区秩序犯罪活动中起组织、策划、指挥作用的犯罪分子;“积极参加的”，是指主动参加扰乱军事管理区秩序犯罪活动的，在实施犯罪起了重要作用或者有其他犯罪行为的等。
对聚众扰乱军事管理区秩序的首要分子，在判处主刑的同时，一般也应附加剥夺政治权利。
聚众扰乱军事管理区秩序罪，是指聚众扰乱军事管理区秩序，情节严重，致使军事管理区工作无法进行，造成严重损害的行为。
(一)客体要件本罪侵害的客体是复杂客体，不仅侵犯了军事设施的保密制度，也侵犯了军事管理区的秩序。“军事管理区”，是指由国家根据军事设施的性质、作用、安全保密的需要和使用效能的要求而划定的采取比较严格保护措施的一定区域。由国务院和中央军事委员会确定，或者由军区根据国务院和中央军事委员会的规定确定。聚众扰乱军事管理区秩序的行为，违反国防法和军事设施保护法规定的公民国防义务，直接危害军事设施的安全和使用效能，威胁军事秘密的安全，危害国防利益。犯罪对象是军事管理区，包括管理区内的军事设施、各种建筑和山、水、林木等。
(二)客观要件本罪在客观方面表现为聚众扰乱军事管理区正常秩序，情节严重，致使军事管理区工作无法进行，造成严重损失的行为。
《军事设施保护法》第15条规定：“禁止陆地、水域军事禁区管理单位以外的人员、车辆、船舶迸人禁区，禁止对禁区进行摄影、摄仗录音、勘察测量、描绘和记述，禁止航空器在军事禁区上空进行低空飞行。但是，经军区级以上军事机关批准的除外。 禁止航空器进入空中军事禁区，但依照国家有关规定获得批准的除外。 使用军事禁区的摄影、摄像、录音、勘察、测量、描绘和记述资料，应当经军区级以上军事机关批准。”
第19条规定：“军事管理区管理单位以外的人员、车辆、船舶进入军事管理区，必须经过军事管理区管理单位许可。”
第33 条规定扰乱军事管理区的管理秩序，情节严重的，对首要分子和直接责任人员比照刑法第158条的规定追究刑事责任;情节轻微，尚不够刑事处罚的，比照治安管理处罚条例第十九条的规定处罚。等等。这些都是军事管理区正常秩序的合法保障。具体地说，扰乱军事管理区秩序的行为主要是聚众进行的，所谓聚众，是指聚集、纠合3人以上包括3人进行扰乱。所谓扰乱，是指冲击、哄闹军事管理区域，使用区域出现混乱不安之局面，致使工作无法正常进行。其方式多种多样，有的在军事管理区域内的机关、单位的办公室、会议室、实验室、生产车间、训练基地等哄闹骚扰;有的殴打、辱骂军事管理人员;有的封锁要道、路口;有的强行截断电源、水源等等。
本罪不仅要有聚众扰乱的行为，而且还必须属于情节严重并致军事管理区工作无法进行，造成严重损失的才能构成本罪。所谓致使军事管理区工作无法进行，主要是指造成军事指挥机关无法指挥，军事单位的人员、车辆、舰艇无法通过，飞机无法升降，作战、训练、戒严、战备、教学、科研、生产、抗洪、抢险、救灾等军事管理区的工作无法开展。根据司法实践的经验，情节严重，司法实践中主要是指战时聚众扰乱军事管理区秩序的;长时间或者多次实施扰乱行为的;使用暴力或者采取其他恶劣手段的;纠集人数多、规模较大的等。“造成严重损失”，主要是指导致军事秘密泄露的;致人伤亡的;造成严重经济损失或者严重政治影响的等等。
(三)主体要件本罪的主体是一般主体。即达到刑事责任年龄具有刑事责任能力的自然人均可构成本罪。本罪属必要共犯，能构成本罪主体的只能是聚众扰乱军事管理区秩序的首要分子和其他积极参加者。其他人员即使参加了聚众扰乱，亦不以本罪论处，但不排除可以给予其他处罚，如罚款、行政拘留、劳动教养等。
(四)主观要件本罪在主观方面表现为故意。行为人明知是军事管理区，仍然聚众扰乱军事管理区秩序，对其所造成的危害国防利益的后果持希望或者放任态度。过失不构成本罪。这种犯罪，行为人往往基于某种个人目的来故意实施，如泄私愤、为达到某种要求而通过聚众扰乱秩序来施加压力等等。
聚众扰乱军事管理区秩序罪的主体是一般主体，只要是达到刑事责任年龄具有刑事责任能力的自然人均可构成本罪。但是该罪主要针对的是故意，过失不构成该罪。聚众扰乱军事管理区单个罪名最高判处7年有期徒刑数罪并罚可能刑罚会更重。
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