犯本罪的，对首要分子，处五年以上十年以下有期徒刑;其他积极参加的，处五年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。本罪只追究聚众冲击军事禁区的首要分子和积极参加者的刑事责任，而不追究一般参与者。“首要分子”，是指在聚众冲击军事禁区犯罪活动中，起组织、策划、指挥作用的犯罪分子;“积极参加的”，是指主动参加冲击军事禁区犯罪活动的，在实施犯罪申起了重要作用或者有其他犯罪行为的等。对聚众冲击军事禁区的首要分子，在判处主刑的同时，一般也应附加剥夺政治权利。
(一)罪与非罪
区分罪与非罪的界限，要注意：本罪以“严重扰乱军事禁区秩序”作为犯罪构成要件。如果虽然有聚众冲击军事禁区的行为，但尚未达到严重扰乱军事禁区秩序的程度，或者虽然严重扰乱军事禁区秩序，但只属一般参与者，尚不属积极参加的，则都不构成犯罪，可由有关部门给予行政处罚。对于严重扰乱军事禁区秩序，但不知是军事禁区，可按其他有关罪定罪处罚，不按本罪处罚。
(二)此罪与彼罪
1、本罪与聚众扰乱社会秩序罪的界限。两罪在客观方面、犯罪主体、主观方面相同。其区别：一是犯罪客体不同。前罪的客体是军事禁区管理秩序;后罪的客体是公共场所秩序或交通秩序。二是侵害的对象不同。前罪侵害的对象是军事禁区;后罪侵害的对象是公共场所。
2、本罪与聚众冲击国家机关罪的界限。聚众冲击国家机关罪，是指聚众冲击国家机关，致使国家机关工作无法进行，造成严重损失的行为。两罪在犯罪主体、丰粤亨面、客观方面相同或者近似，其主要区别在于：一是侵犯的客体不同。前者侵犯的直接客体是军事禁区秩序;后者侵犯的直接客体是国家机关工作秩序。二是犯罪对象不同。前者的犯罪对象是军事禁区;后者的犯罪对象是除军事机关外的其他国家机关工作区。
3、本罪与武装叛乱形式冲击军事禁区，严重扰乱军事禁区秩序的行为的界限。聚众冲击军事禁区罪中的持械冲击军事禁区，用武装叛乱罪中的持械冲击军事禁区相似。对以武装叛乱形式冲击军事禁区，严重扰乱军事禁区秩序的，属想象竞合犯，按照择一重罪处断的原则，应定武装叛乱罪进行处罚。
我们国家军事禁区指的是不允许进入的地方，如果有人聚众冲击军事禁区，将会构成违法犯罪行为，因为这种行为已经严重的扰乱到我们国家军事禁区的秩序，需要根据犯罪人参与的程度不同进行不同处罚。
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