组织和运送他人偷越国境罪的主体主要在于表现形式不同，组织他人偷越国(边)罪在客观方面表现为通过拉拢、串连、诱使、煽动等方式，有组织、有计划地安排他人偷越国(边)境的行为;而运送他人偷越国(边)境罪在客观方面则表现为，行为人采用步行的方式陪伴偷渡者或者用车辆、船只、航空器等交通运输工具将偷渡者带出或者运送出入国(边)境的行为。因而，如果行为人组织了一批人偷越国(边)境后，又运送另一批人偷越国(边)境的，则具备了两种犯罪的构成要件，应以组织他人偷越国(边)境罪和运送他人偷越国(边)境罪两个罪名，实行数罪并罚;但如果行为人既组织、又运送同一批人偷越国(边)境的，则属刑法理论中的牵连行为，根据牵连犯“从一重罪处断”的原则，以组织他人偷越国(边)境罪论处;对于直接参与组织他人偷越国(边)境而分工负责运送的，亦应以组织他人偷越国(边)境罪定罪量刑。
二、本罪与偷越国(边)境罪的界限
1、犯罪主体不同。组织他人偷越国(边)境罪的主体尽管是一般主体，但实际上、只有偷越国(边)境犯罪活动的组织者，即从事组织他人偷越国(边)境犯罪活动的“蛇头”，才能构成组织他人偷越国(边)境罪;而偷越国(边)境罪的犯罪主体在立法上无任何特殊要求，只要是达到刑事责任年龄、具备刑事责任能力，实施了偷越国(边)境行为的自然人，均可成为偷越国(边)境罪的犯罪主体。所以，如果不是从事组织他人偷越国(边)境犯罪活动的“蛇头”有组织、有计划地煽动、拉拢、串连、动员、安排他人偷越国(边)境，而是在共同偷越国(边)境的过程中，出于江湖义气或亲友私情，为个别偷越国(边)境的人员提供有关帮助的行为，不构成组织他人偷越国(边)境罪，其中情节严重者，以偷越国(边)境罪的共犯处理。
2、犯罪客观方面的表现形式不同。组织他人偷越国(边)境罪在客观方面表现为，以抗拢、串连、诱使、煽动等方式，有组织、有计划地安排他人偷越国(边)境的行为;而偷越国(边)境罪在客观方面则表现为，违反国(边)境管理法规，偷越国(边)境的行为。
需要明确的是，对于组织和运送他人偷越国境的行为，是属于严重侵犯了国家权益的情况，涉及到相关事项的认定和处理，要严格基于法律规定的程序和要求来进行合法的认定，对判决结果有异议的可以上诉到法院来进行处理。
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