1、具有管理涉农专项款物、农村集体资金职责的基层政府部门、乡村基层组织管理制度不健全，监督制约不到位，为作案人员提供了客观条件。新农村建设中专项款物管理工作涉及面具有区域性和分散性的特点，有的地方是由乡镇指派工作人员与村社干部组成临时的工作组，而有的地方则由县、乡镇设立了临时性的办事机构—“某某办”，从组织形式上看似乎很完善。但是，由于专项资金管理工作太多又受时间限制，其工作的难度显而易见，为了赶时间和完成任务，因此在建立和完善监督制度方面存在较大问题，导致在这些专项资金管理中出现了管理漏洞多，监督缺位而无人过问的不良局面，从客观上给作案人员提供了生存的土壤。
2、在违法违纪的基层干部中，部分人文化水平低，思想觉悟不高，特权思想严重，法制观念淡薄，罪与非罪概念不清，是容易诱发犯罪的主观原因。通过对新农村建设中贪污贿赂犯罪案件的调查和分析发现，一个明显的特点就是涉案人员文化程度普遍不高，一些基层干部对违纪、违法和犯罪认识不清，有的在受到查处时还不知道自己的行为已构成犯罪。尤其是在查处农村基层组织职务犯罪案件中，这些村干部文化水平都较低，年纪也偏大，他们缺乏干部必备的基本素质，法制观念淡薄，不能正确认识自己行为可能带来的法律后果，往往为利所动，对罪与非罪的界线认识不清，错误地认为自己不是国家工作人员，在保管和管理专项资金中，利用职务之便“吃点、占点、捞点”都是正常的，构不成犯罪。这样对法律认识模糊，罪与非罪的界线认识不清的乡村工作人员不只少数，具有一定普遍性。
3、基层政府部门尤其是乡镇、农村基层组织政务公开制度流于形式，财务管理混乱，给行为人轻易作案制造了条件。从查处涉农案件情况看，大多数基层组织也都建立了政务公开制度。但是，真正将这一制度落实好的并不多，大多是走过场、流于形式，财务管理非常混乱，上级政府部门对下拨款物也缺乏相关的监督机制，这种混乱局面给“浑水摸鱼”者大肆侵吞村社集体财产留下了空间。
4、基层干部尤其是乡镇、村级干部待遇偏低，“不捞白不捞”的思想容易激发其进行贪污贿赂等犯罪。乡、村基层干部的工作涉及方方面面，工作条件艰苦，尤其是农村工作情况复杂，工作量大而辛苦，同时基层干部的收入及待遇往往又相对偏低，特别是贫困山区显得尤为突出。这些现状，使得相当一部分村级干部感到工作辛苦而待遇偏低，吃亏和补偿心理随之出现并越来越强烈，或因担任村干不能再做其他经济收入的工作造成家庭经济困难，在得不到正确引导和有效补救的情况下，一些人想方设法寻找补偿途径，在“不捞白不捞”补偿心理的驱使下，或确因生活困难而铤而走险，利用在管理和监督方面的漏洞进行贪污、贿赂犯罪，侵害国家和农民利益。
造成涉农职务犯罪的主要原因主要是一些农村的干部文化水平不高，守法的意识是比较薄弱的，再加上一些政策的宣传不到位，以及监督落实的制度不健全，以及乡镇农村干部的待遇比较偏低等因素造成的涉农职务犯罪。
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