两者相比较，还是销售假药罪更严重。
1、非法经营罪
是指【非法经营罪】违反国家规定，有下列非法经营行为之一的犯罪。
(一)未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或其他限制买卖的物品的;
(二)买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件;
(三)未经国家有关主管部门批准，非法经营证券、期货或者保险业务的，或者非法从事资金结算业务的;
(四)从事其他非法经营活动，扰乱市场秩序，情节严重的行为。
2、生产、销售假药罪
是指生产者、销售者违反国家药品管理法规，生产、销售假药，足以危害人体健康的行为。生产、销售假药罪(刑法第141条)，是指生产者、销售者违反国家药品管理法规，生产、销售假药，足以危害人体健康的行为。根据刑法修正案八的规定，只要具有主观故意生产、销售假药的行为，即构成本罪。
二、两者比较
《中华人民共和国刑法》第二百二十五条 违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金;情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产:
(一)未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的;
(二)买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的;
(三)其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。根据《刑法》第141条和第150条的规定，犯本罪的，处3年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处销售金额50%以上2倍以下罚金;对人体健康造成严重危害的，处3年以上10年以下有期徒刑，并处销售金额50%以上2倍以下罚金;致人死亡或者对人体健康造成特别严重危害的，处10年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑，并处销售金额50%以上2倍以下罚金或者没收财产。单位犯本罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他责任人员，依照上述规定处罚。
两者相比较，还是销售假药罪更严重。
任何的企业和公民在经营公司时都要遵循相应的法律法规，如果出现了销售未经允许的物品时，不仅会危害到经济社会的秩序和治安，同时也是会给消费者的生命安全造成一定的损失，所以当出现了销售假药或者非法经营的罪行后，当事人都将会受到相应的处罚和制裁。
延伸阅读：
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什么是生产销售假药罪？
