1、证据要求不同
在销售伪劣产品罪中，对烟草制品的鉴定结论起着至关重要的作用，如果没有检测报告，或者检测报告的结论不是伪劣产品，属于主要证据不足，案子将被退回;而非法经营罪中，犯罪嫌疑人经营的是真品卷烟还是伪劣卷烟，可能成为量刑的酌定情节，但不影响定罪。鉴定结论不是非法经营罪的必要证据，是否具有相关许可证件才是定罪的关键因素。另外，在非法经营罪中，违法所得数额，是否受到过行政处罚，都是定案的关键证据，而这些证据在销售伪劣产品罪中，就不是主要证据。
2、刑罚不同
罪未遂，根据《刑法》第一百四十条：“销售金额五万元以上不满二十万元的，处二年以下有期徒刑或者拘役”，只能在两年以下量刑，并且有法定从轻情节。如果以非法经营罪起诉，则属于犯罪既遂，根据《刑法》第二百二十五条：“处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金”，可以判处5年以下有期徒刑，且没有法定从轻情节，因此本案以非法经营罪起诉比较适宜。
根据《刑法》规定，销售伪劣产品罪最高刑时无期徒刑，但起点刑是两年以下，非法经营罪最高刑是有期徒刑，但起点刑是5年以下，因此对于数额刚够立案标准的犯罪，特
3、立案标准不同
销售伪劣产品罪是以销售金额作为主要计算依据，根据《座谈会纪要》，如果卷烟未销售，货值达到15万元才能定罪;非法经营罪是以经营金额作为主要计算依据。本案如果以销售伪劣产品罪定性，由于伪劣卷烟价值只有47000元，达不到5万元的立案标准;如果以非法经营罪定性，非法经营数额是6万元，已经达到立案标准，如果单纯从数额考虑，二人只能涉嫌构成非法经营罪。
4、犯罪既遂和未遂的标准不同
根据四部门《座谈会纪要》，伪劣烟草制品尚未销售，货值金额达到刑法第一百四十条规定的销售金额三倍(十五万元)以上的，以生产、销售伪劣产品罪(未遂)定罪处罚。伪劣烟草制品的销售金额不满五万元，但与尚未销售的伪劣烟草制品的货值金额合计达到十五万元以上的，以生产、销售伪劣产品罪(未遂)定罪处罚， (未遂)。根据《刑法》第二百二十五条，构成非法经营罪。销售伪劣产品罪必须是销售金额达到5万元以上才构成犯罪既遂，如果购入卷烟未销售，或者已经销售的不足5万元，货值再大也是未遂;非法经营罪则不论卷烟是否已经销售，只要存在购买、运输、储存、销售中的任一环节，都构成犯罪既遂。只要烟不是从当地烟草专卖批发企业进的，不管是否销售，都属于犯罪既遂。
非法经营罪，还有非法的生产销售假药罪，这两个罪名经常性的发生竞合，但是，二者是完全不同的罪名，大概分为四个方面的不同，立案标准不同，一般就是涉及的犯罪数额，非法的经营是存在有非法买卖，运输的行为就构成犯罪，非法生产是达到了数额才构成犯罪。
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