犯军人叛逃罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役，情节严重的，处五年以上有期徒刑。驾驶航空器、舰船叛逃的，或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。
情节严重通常是指，国 (边)境值勤人员利用职务之便外逃的;组织他人外逃的;携带武器外逃的;行凶殴打或以暴力威胁国(边)境执勤人员外逃的等。战争正在进行期间越境外逃;乘执行战斗任务之机外逃等。
其他特别严重情节，是指胁迫他人叛逃的;策动多人或者策动军队中、高级指挥人员和其他负有重要职责 (如机要人员)的人员叛逃的;携带重要或者大量军事秘密叛逃的;叛逃后为敌人效劳，进行严重危害国防安全活动的，等等。构成本罪的行为人逃往的国家或者地区应属于非敌对性质的，如果逃往敌对国家或地区的，应当依照刑法第l09条的投敌叛变罪论处;如果是擅离部队或者逾假不归，情节严重的，可按擅离军事职守罪、逃离部队罪等论处。
军人叛逃罪与逃离部队罪都有离队不归的行为，在定罪上可能发生混淆。其主要区别有以下几点：
1、军人叛逃罪侵害的是国防安全秩序，而逃离部队罪侵害的是兵役秩序。
2、军人叛逃罪的行为人必须逃亡到境外，而逃离部队罪的行为人并不要求逃往境外。
3、主观方面，军人叛逃罪的行为人在主观上具有背叛国家的目的，而逃离部队罪的行为人在主观上仅有逃避服兵役的目的。
军人叛逃到境外的行为本身必然包含了逃离部队、逃避服兵役的行为，因此在适用法律上，应根据重罪吸收轻罪的原则，以军人叛逃罪论处，不能再定逃离部队罪实行数罪并罚。
军人的职责是保卫祖国和人民的利益，如果他们以反对社会主义制度、危害祖国和人民利益为目的逃往境外的，不仅违背了军人的职责，同时对国家安全和国家利益也造成了危害，因而对这种行为必须依法追究刑事责任。这种犯罪行为既包括从境内逃往境外，也包括合法出境而在境外叛逃。
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