当事人如果想要推翻司法鉴定结论应该坚持申请重新鉴定，如果鉴定结论错误，则一定要坚持申请重新鉴定，然后向司法行政机关投诉反映，以达到撤销违法司法鉴定结论的目的，最后主动搜集其他证据以推翻鉴定结论，使得鉴定结论不能作为定案证据。
1、坚持申请重新鉴定
如果鉴定结论错误，则一定要坚持申请重新鉴定。首先要取得法官对重新鉴定申请的支持，不能单纯的只是提出申请，而要围绕重新鉴定申请准备充分合理的理由，要尽量搜集证据，要尽其所能。比如对鉴定结论提出充分有据合法合理的异议，包括针对鉴定程序和鉴定结果等等。
2、向司法行政机关投诉反映，以达到撤销违法司法鉴定结论的目的
如果司法鉴定机构违法违纪进行司法鉴定活动，则可以向省级司法行政部门投诉。司法行政部门可以对其违法行为进行调查和处理，从而使得原鉴定结论作废或者司法鉴定结构主动撤销违法的鉴定结论。 当前的司法鉴定实践中，鉴定机构作为商业主体很多都存在委托受理把关不严，鉴定结论草率，鉴定程序不规范，鉴定暗箱操作及受贿腐败的问题。所以投诉举报司法鉴定机构违法行为的方式也是可以考虑选择的。
3、主动搜集其他证据以推翻鉴定结论，使得鉴定结论不能作为定案证据
正规的司法鉴定意见书首页会有一份“声明”，其内容往往包括什么委托人应当向鉴定机构提供真实、完整、充分的鉴定材料，并对鉴定材料的真实性、合法性负责之类的话语。
(一)鉴定的提起
法院基于当事人的请求，委托司法鉴定机构进行司法鉴定。由双方当事人共同选择或法院指定鉴定机构。
1、相同点：第一，都是一种证据;第二，鉴定的基本程序相似;第三，法院审查与评断的标准基本相似;第四，在实际判案中的效力基本相似。
2、差异性。
第一，两者之间构成逻辑上的包容关系。按照《医疗事故处理条例》第二条的规定：“医疗事故，是指医疗机构及其医护人员在医疗活动中，违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规，过失造成患者人身损害的事故。”同时规定造成患者死亡或残疾的，分别构成一至三级医疗事故，如果造成患者明显人身损害的其他后果的则构成四级医疗事故。但实践中，有些过错很难达到事故的定性标准，但却给患者造成了损害，怎么办?实践中就出现了医疗过错司法鉴定。而且已有司法鉴定机构自去年开始，就受理对医疗事故技术鉴定结论不服的复核鉴定申请，进行医疗过错(此处指广义的过错)司法鉴定，这一实践扩大了医疗过错鉴定的范围，使两者间构成包容关系。
第二，两者的鉴定主体不一。现行医疗事故鉴定主体是各级医学会，而鉴定专家多是各级医院的任职医师，由于不可避免的原因，在实践中难免会发生不公正的现象。
第三，两者的庭审质证程序明显不同。按照《条例》，只有卫生行政部门才能对医疗事故鉴定结论进行审查，那么，在司法审判实践中，法院应如何审查?这似乎是一个很难的问题。其实在《人民法院对外委托司法鉴定管理规定》及《人民法院司法鉴定工作暂行规定》中，对鉴定结论的审查都规定了详细的程序及标准，特别规定鉴定人有依法出庭宣读鉴定结论并回答与鉴定相关提问的义务。
如果当事人觉得司法鉴定机构给出的结论不仅对自己非常不利而且还存在很严重的错误而与案件的事实完全不符的，可以直接通过要求法院重新鉴定为前提后，及时找到相关的证据来正式自己的诉求是正确合理的，最后才能确定推翻原有的结论。
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