有的是鉴定费用由申请方垫付，最后判决由赔偿义务人承担;有的是法院负担。如果由提出申请的被告人或附带民事诉讼原告人负担，有的申请方既请求鉴定，又拒交鉴定费;有的申请方即使愿意承担，但由于受经济条件的限制而无力支付。
我们知道在一般民事案件中，司法鉴定费用由主张者先行垫付，如果证明对方过错，那么可以申请对方给付。如果是主张方过错，那就是主张者自己付。如果双方均有错，可以协商付。
实践中，案件进入审判阶段，被告人、被害人对鉴定结论提出异议，如抢劫、盗窃案件中的被告人对抢劫、盗窃物品的价格鉴定结论不服，抢劫致人重伤、故意伤害等案件的被告人或被害人对被害人的伤情程度鉴定不服等等，请求补充鉴定、重新鉴定的问题不时出现。
若驳回被害人或被告人的申请，将剥夺了被害人或被告人的诉讼权利，也不利于保证案件质量;若准许进行补充鉴定或重新鉴定，犯罪嫌疑人、被害人或被害人的法定代理人、近亲属、诉讼代理人提出申请，经检察长批准，可以补充鉴定或者重新鉴定，但应由请求方承担鉴定费用。这里只是明确了侦查阶段的补充鉴定、重新鉴定费用的承担问题。但对于审判阶段的补充鉴定、重新鉴定费用应由谁来承担，现行法律及司法解释对此并无明确的规定。
刑事案件的鉴定包括刑事诉讼部分的鉴定和附带民部分的鉴定两类，前者是办案机关为了查明案情，解决案件中某些专门性问题，指派、聘请有专门知识的人所作的鉴定，这类鉴定主要是对影响定罪量刑的有关事项所进行的鉴定;后者是法院应当事人的请求对民事赔偿部分的有关事项委托有关机构进行的鉴定，这类鉴定主要集中在伤残程度的鉴定上。
实践中，由于鉴定产生的费用应由谁承担，特别是在案件进入审判阶段以后所产生的鉴定费用以及补充鉴定、重复鉴定费用应由谁承担的问题，因现行法律和司法解释没有明确具体的规定，导致操作困难。
人民法院审理刑事附带民事案件，不收取诉讼费。该条规定的诉讼费是仅指案件的受理费，还是鉴定费用也包括在内。实践中，做法不一，有的是鉴定费用由申请方垫付，最后判决由赔偿义务人承担;有的是法院负担。就法院目前的状况来看，特别是经济欠发达地区的基层法院，办公经费紧张，维持日常的办公支出还有些紧张，如再承担附带民事部分的初次鉴定、补充鉴定和重新鉴定这项为数不小的费用，审判工作的正常运转确实难以保障。
如果由提出申请的被告人或附带民事诉讼原告人负担，由于上述规定不很明确，有的申请方既请求鉴定，又拒交鉴定费;有的申请方即使愿意承担，但由于受经济条件的限制而无力支付。
我国现行法律及司法解释为保障当事人诉讼权利的实现，在法律和司法解释中作了许多保障性规定，其中关于对弱势群体进行救助方面的规定有诉讼费用的缓减免、指定辩护等等。鉴定结论，或是定罪量刑的依据，或是判决赔偿的依据，对维护当事人的合法权益、保证案件审判质量有着至关重要的作用。
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