如果司法鉴定不同意一般可以推翻，当事人可以自行委托其他司法鉴定机构作出鉴定结论。
重新鉴定应当委托原司法鉴定机构以外的其他司法鉴定机构进行;因特殊原因，委托人也可以委托原司法鉴定机构进行，但原司法鉴定机构应当指定原司法鉴定人以外的其他符合条件的司法鉴定人进行。
(2)鉴定程序严重违法的;
(3)鉴定结论明显依据不足的;
(4)经过质证认定不能作为证据使用的其他情形内容。
1、申请重新鉴定的法律依据
根据《刑事诉讼法》第一百四十六条规定：侦查机关应当将用作证据的鉴定意见告知犯罪嫌疑人、被害人。如果犯罪嫌疑人、被害人提出申请，可以补充鉴定或者重新鉴定。
2、坚持申请重新鉴定
首先要取得法官对重新鉴定申请的支持，不能单纯的只是提出申请，而要围绕重新鉴定申请准备充分合理的理由，要尽量搜集证据。
3、向司法行政机关投诉反映
向司法行政机关投诉反映，以达到撤销违法司法鉴定结论的目的。如果司法鉴定机构违法违纪进行司法鉴定活动，则可以向省级司法行政部门投诉。司法行政部门可以对其违法行为进行调查和处理，从而使得原鉴定结论作废或者司法鉴定结构主动撤销违法的鉴定结论。
4、主动搜集其他证据以推翻鉴定结论
正规的司法鉴定意见书首页会有一份“声明”，其内容往往包括什么委托人应当向鉴定机构提供真实、完整、充分的鉴定材料，并对鉴定材料的真实性、合法性负责之类的话语。如果能够搜集到有关否定检材真实、完整、充分、合法的证据，则鉴定意见自然就失去基础，不能作为定案证据。
涉及赔偿的案件，为了确定责任和赔偿的标准，通常会选择做司法鉴定，通过司法鉴定的结果来作为赔偿的依据，但是有些时候司法鉴定的结果存在瑕疵，那么做为当事人是有权利提出重新司法鉴定的申请。
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