笔迹鉴定法院程序违法是可以申请重新鉴定的，有下列情形之一的，司法鉴定机构可以接受委托进行重新鉴定：
(三)原司法鉴定人按规定应当回避没有回避的;
(四)委托人或者其他诉讼当事人对原鉴定意见有异议，并能提出合法依据和合理理由的;
(五)法律规定或者人民法院认为需要重新鉴定的其他情形。
笔迹鉴定从申请后一般需要1个月左右的时间，如果案情复杂的时间会长一些。
《中华人民共和国民事诉讼法》第七十六条 当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定 。第七十八条当事人对鉴定意见有异议或者人民法院认为鉴定人有必要出庭的，鉴定人应当出庭作证。经人民法院通知，鉴定人拒不出庭作证的，鉴定意见不得作为认定事实的根据;支付鉴定费用的当事人可以要求返还鉴定费用。
三、民事案件的审理时间
一审审限一般6个月。根据我国《民事诉讼法》的相关规定，人民法院适用普通程序审理一审民事案件的审限为6个月，有特殊情况需要延长的，由本院院长批准，可以延长6个月;还需要延长的，报请上级法院批准; 适用简易程序审理案件的审限为3个月，不能延长，若3个月内不能审结，转为普通程序继续审理。
根据我国《民事诉讼法》第一百四十九条规定，人民法院适用普通程序审理的案件，应当在立案之日起六个月内审结。有特殊情况需要延长的，由本院院长批准，可以延长六个月;还需要延长的，报请上级人民法院批准。
根据我国《民事诉讼法》第一百六十一条规定，人民法院适用简易程序审理案件，应当在立案之日起三个月内审结。
正常情况下，法院没有必要在笔迹鉴定的这件事情上不按照国家法律制度进行，因此，有可能法院在委托的过程当中，也是因为跟本案当中的某些工作人员存在着特殊的关系，在操作程序上才违背了国家法律规定，法院的这种违法操作的行为也是要承担法律责任的。
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