对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
根据《刑事诉讼法》第一百七十一条，人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
二、检察院免于起诉的情形有哪些?
(1)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的
(2)犯罪已过追诉时效期限的
(3)经特赦令免除刑罚的
(4)依照《刑法》告诉才处理的犯罪，没有告诉或撤回告诉的
中国告诉才处理的案件有四种，侮辱诽谤罪，暴力干涉婚姻自由罪、虐待罪和侵占。这些案件涉及的主要是公民个人的权益，如婚姻、名誉等，实质上是公民个人的私权，是否追究加害者的刑事责任由公民个人自行决定。对于这些案件，如果被害人及其他有告诉权的人不提出告诉，或者提出告诉后又撤回告诉的，人民检察院依法作不起诉处理。
(5)犯罪嫌疑人、被告人死亡的
犯罪嫌疑人、被告人死亡的，意味着失去了追究刑事责任的对象，追究其刑事责任已没有任何实际意义，故刑事诉讼活动没必要继续进行下去，因此，人民检察院应当作出不起诉决定，就此终止刑事诉讼。
(6)其他法律规定免予追究刑事责任的
检察院之所以退回公安机关补充侦查，还是因为在审查起诉阶段发现了一些问题，比如证据上存在着瑕疵或者有遗漏的罪行，诸如此类的特殊情况，每次退回补充侦查时都会告知公安机关退回的原因，公安机关有争议的可以向上级人民检察院申请复议。
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