司法制任职存疑不起诉是合法的。我国刑事诉讼法第171条第4款规定：对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。而根据我国刑事诉讼法第171条第三款规定的精神，补充侦查的案件应在1个月内补充侦查完毕，补充侦查以两次为限。因此，经过两次补充侦查，对于事实仍未查清、证据不足的案件，人民检察院可以作出不起诉的决定。案件经过两次补充侦查，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件。
(1)据以定案的证据存在疑问、无法查证属实的。
(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的。
(3)证据之间的矛盾不能合理排除的。
(4)根据证据得出的结论具有其他可能性而无法排除的。
人民检察院根据上述情形作出不起诉决定后，如果发现了新的证据，证明案件符合起诉条件时，可以撤销不起诉决定，提起公诉。对于存疑不起诉应当注意的是，只有案件经过两次补充侦查后，人民检察院仍然认为案件事实不清、证据不足时，才可以作出不起诉决定。因此，案件经过两次补充侦查和案件事实不清证据不足，是刑事诉讼法规定的存疑不起诉的必要条件，人民检察院必须严格执行，只有这样，才能既可以防止放纵犯罪分子，又可以防止久侦不决、久押不放的现象，更好地保护公民的合法权益。
检察院的职员是需要审查移交上来的刑事案件，并且确定对于案件的证据不存在疑惑之后才会起诉的，若是审查的过程中，发现的一点比较多，此时就可以存疑为由不起诉，此种情形下公安机关依旧是需要再次的侦查此刑事案件的。
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