司法机关对被采取强制措施超过法定期限的如何处理，法律规定了三种办法：一是对于犯罪嫌疑人、被告人在押的应当予以释放;二是对于取保候审超过十二个月或者监视居住超过六个月的，应当解除取保候审、监视居住;三是变更强制措施，如对被羁押犯罪嫌疑人、被告人解除羁押，改为采取取保候审。
羁押是司法机关对犯罪嫌疑人在终审判决前的暂时关押。
羁押不是刑事诉讼法规定的强制措施，而是刑事拘留和逮捕的附带性后果。
羁押期限，是指拘留和逮捕的法定期限。羁押期限包括：侦查阶段、审查起诉阶段和审判阶段三阶段的期限。
根据刑事诉讼法和六机关《规定》的规定，遇有下列情况不计入原有侦查羁押期限，即重新计算羁押期限：
1、在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，自发现之日起依照《刑事诉讼法》第154条的规定重新计算侦查羁押期限。重新计算侦查羁押期限的，由公安机关决定，无需人民检察院批准，但须报人民检察院备案。
2、公安机关补充侦查完毕移送检察院后，人民检察院重新计算审查期限。
3、人民检察院补充侦查的案件，补充侦查完毕移送人民法院后，人民法院重新计算审理期限。
4、人民法院改变管辖的案件，从改变后的人民法院收到案件之日起重新计算审理期限
5、第二审人民法院发回重审人民法院重新审判的案件，原审人民法院自收到发回案件之日起，重新计算审理期限。
6、简易程序转为普通程序的案件，审理期限应当从决定转为普通程序之日起计算。
三、其他规定
1、犯罪嫌疑人不讲真实姓名、住址，身份不明的，侦查羁押期限自查清其身份之日起计算，但不得停止对其犯罪行为的侦查取证。对于犯罪事实清楚，证据确实、充分的，也可以按其自报的姓名移送人民检察院审查起诉。
2、对被羁押的犯罪嫌疑人作精神病鉴定的时间，不计入侦查羁押期限。其他鉴定时间则应当计入羁押期限。
总之，按照刑诉法的规定肯定不会在羁押期满了以后就绝对的释放犯罪嫌疑人的，刑诉法一共是规定了三种办法，可以归司法部门或者犯罪嫌疑人及其代理律师的选择，但实际上羁押期满了以后的处理办法，很大程度上都取决于司法部门的态度，一般在羁押期限之内案件就应该正常的处理完毕的。
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