一、两次退回补充侦查应该怎样办理。
要看具体案情，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十一条，人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。
二、相关的拓展资料：
补充侦查指的是为案件的处理提供足够的证据资料，在原有侦查工作的基础上，对原有侦查工作的不足或薄弱部分重新进行侦查。中国刑事诉讼法规定，人民检察院审查案件，认为需要补充侦查的，可自行侦查，也可退回公安机关补充侦查。人民法院对提起公诉的案件，认为主要事实不清，证据不足的，可退回检察院补充侦查。
补充侦查现分为两类：
1.审查起诉阶段的补充侦查
《刑事诉讼法》第九十条规定：人民检察院对于公安机关提请批准逮捕的案件进行审查后，应当根据情况分别作出批准逮捕或者不批准逮捕的决定。对于批准逮捕的决定，公安机关应当立即执行，并且将执行情况及时通知人民检察院。对于不批准逮捕的，人民检察院应当说明理由，需要补充侦查的，应当同时通知公安机关。
第一百七十条：人民检察院对于监察机关移送起诉的案件，依照本法和监察法的有关规定进行审查。人民检察院经审查，认为需要补充核实的，应当退回监察机关补充调查，必要时可以自行补充侦查。 对于监察机关移送起诉的已采取留置措施的案件，人民检察院应当对犯罪嫌疑人先行拘留，留置措施自动解除。人民检察院应当在拘留后的十日以内作出是否逮捕、取保候审或者监视居住的决定。在特殊情况下，决定的时间可以延长一日至四日。人民检察院决定采取强制措施的期间不计入审查起诉期限。
第一百七十五条
人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。 人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。 对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。 对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
要注意的是，检察院决定自行侦查的，法律没有赋予其额外的期限，应当在审查起诉期限内侦查完毕。
2.法庭审理阶段的补充侦查
根据《刑事诉讼法解释》第二百二十六条第1款与第2款规定，合议庭在案件审理过程中，发现被告人可能有自首、立功等法定量刑情节，而起诉和移送的证据材料中没有这方面的证据材料的，应当通知人民检察院移送。审理期间，被告人提出新的立功线索的，法院可以建议人民检察院补充侦查。
根据《高检规则》第460规定，在法庭审理过程中，人民法院建议人民检察院补充侦查的，人民检察院应当审查有关理由，并做出是否补充侦查的决定。人民检察院不同意的，可以要求人民法院就起诉指控的犯罪事实依法作出裁判。
这里要注意，根据修改后的2018年最新《刑事诉讼法》，人民法院在法庭审理阶段没有了决定退回检察院补充侦查的权力，只能在“被告人提出新的立功线索”的情况下才可以提出建议。
补充侦查期间相关的检察机关和公安部门应对这类案件的证据、犯罪嫌疑人等进行相关的了解，确保公民的合法权益。发现新的证据和案件情况的，应积极的反馈给办案的人民法院，对这类案件重新作出审查处理。
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