存疑不起诉后再次起诉是合法的，存疑不起诉后需要重新起诉的必须要确定掌握了他人犯罪的证据。作为公安、检察机关也不应忽视客观存在的社会对存疑不起诉人的消极评价，为保障其权利，应加大对存疑不起诉案件的补查力度，尽量缩短查清案件的时间，早日给存疑不起诉人一个有罪无罪的明确结论。对此，有学者提出公诉时效的概念，即对存疑不起诉后再起诉权的行使规定一个合理的期限，从检察机关不起诉决定宣布之日起计算，在该期限内，检察机关对被不起诉人未能提起公诉的，不再保留公诉权。
我国刑事诉讼法第一百四十条规定，人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。这就意味着对公安机关或检察院侦查部门移送起诉的案件，检察机关经过审查认为证据不足，不符合起诉条件，拟作出不起诉决定前，必须退回公安机关或检察院侦查部门补充侦查。只有将案件退回补充侦查后，仍认为证据不足，不符合起诉条件，经院检察委员会讨论决定，才能作出不起诉决定。作出存疑不起诉决定前设置退回补充侦查的前置程序不妥。其理由是：
第一，不符合现代诉讼原理。退回补充侦查的目的是试图通过在立法上强制设立退回补充侦查的手段，对拟存疑不起诉的案件进一步收集有罪证据，尽可能对移送起诉的犯罪嫌疑人定罪起诉，避免或减少存疑不起诉决定的作出。体现了“疑罪从有”、“疑罪从挂”的思想。这不符合现代刑事诉讼原理，也不利于保障犯罪嫌疑人的合法权益。
第二，不符合诉讼时效原则。诉讼时效原则要求刑事诉讼程序的设置要尽可能简便。减少诉讼程序，提高诉讼效率，可以降低司法资源的耗费，也可以使刑事诉讼中的犯罪嫌疑人、被告人早日摆脱或减少诉累。对拟作出不起诉决定前，没有必要设置退回补充侦查的前置程序，应由承办案件的主诉检察官根据案件的实际情况，作出是否退回补充侦查的决定。
证据不足不能起诉，根据规定，应当按照符合要求，比如证据充分，才可以起诉，否则可能会被法院直接不予受理，给驳回。不起诉一般分为多种，包括法定不起诉，存疑不起诉等等。
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