根据刑诉法第一百四十条第四款的规定，适用存疑不起诉必须具备两个条件：
(一)案件必须经过补充侦查。这是程序条件，这里涉及到的问题有两个：
1.由谁负责补充侦查。
法律规定可退回侦查机关补查，也可以由检察机关自行补查。现在多数人赞同由公安机关补查，笔者赞同这种观点。因为，第一，公安机关查过该案，熟悉侦查的过程和症结所在，加上其侦查装备水平优于检察机关，这样就可以避免重复劳动且取得事半功倍的效果;第二，这一做法也是宪法确定的三机关分工负责、相互配合、相互制约原则的具体体现。当然，若原侦查人员有徇私舞弊嫌疑的可由检察机关补查。
2.补查的次数是否必须有两次。
一般还是应以两次为宜。因为既然是证据不足，那就意味着此案有诸多疑点，应至少补查两次。现行刑诉法对此规定就是为了解决1979年刑诉法造成的无限期滥用退侦手段导致的种种弊端。
(二)案件证据不足，不符合起诉条件。这是实体条件。值得一提的是，这里证据不足是指基本犯罪事实的不足，对那些多个罪名多个犯罪事实的案件，如果仅仅是某一罪名或某一事实不清楚，并不足以影响对整个案件的起诉。
有人认为，检察机关作出对存疑不起诉案件发现新证据后可提起公诉的规定，一方面突破了《刑事诉讼法》的规定，因为该法并未规定存疑不起诉后发现新证据可以再行起诉;另一方面，该规定对保障犯罪嫌疑人的合法权益极为不利。这种不利表现为：对于存疑不诉的被不起诉人，社会上对其会有不清不白的评价，罪与非罪悬而未决，社会各方面的排斥和冷遇时时可遇，日常活动很难开展。同时，由于高检院对何时发现新证据可再行起诉未作限制性规定，对未发现新证据的人，其直到死还会有案件挂着。因此，一些学者建议取消存疑不诉后再可起诉的规定。
有法可依，有法必依，执法必严，违法必究是我国法制的基本原则。《刑法》第四条也规定：对任何人犯罪，在适用法律上一律平等。不允许任何人有超越法律的特权。控诉犯罪，保护人民，保障国家安全和社会公共安全，维护社会主义社会秩序，是公安、检察机关的基本职责。公安、检察机关作为控诉犯罪的专门机关，理所当然有权力、也有责任在发现新证据，足以追究犯罪嫌疑人刑事责任的情况下，向法院提起公诉。
司法实践中，常有一些案件，由于关键证人短期内无法找到，共同犯罪案件其他犯罪嫌疑人在逃等原因，在犯罪嫌疑人拒不供述的情况下，往往很难排除一些合理怀疑，而基于办案期限，为保障人权，只能作出存疑不起诉决定，但这并不是说犯罪嫌疑人客观上没有犯罪，一旦相关证人找到，或者共犯被抓获，案情就会显得清清楚楚，此时如能证实原先被不起诉的犯罪嫌疑人有罪而不将其交付审判，实有悖违法必究和法律面前人人平等的原则。
当然，作为公安、检察机关也不应忽视客观存在的社会对存疑不起诉人的消极评价，为保障其权利，应加大对存疑不起诉案件的补查力度，尽量缩短查清案件的时间，早日给存疑不起诉人一个有罪无罪的明确结论。对此，有学者提出公诉时效的概念，即对存疑不起诉后再起诉权的行使规定一个合理的期限，从检察机关不起诉决定宣布之日起计算，在该期限内，检察机关对被不起诉人未能提起公诉的，不再保留公诉权。笔者认为该建议有其合理性，值得研究。
存疑不起诉也成为证据不足不起诉，一般在经过侦查机关至少两次补充侦查之后，发现其实并不存在足够充分的证据，证明嫌疑人确实有犯罪，并且需要被追究刑事责任。而在决定不起诉之后，若是又有新的证据出现，那么还是可以再次提起公诉。
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