被告人提出管辖权异议，法院应当进行调查，确认异议成立的，可移交管辖内的人民法院审理，异议不成立的，给予驳回处理。管辖权异议，是指当事人认为受诉法院或受诉法院向其移送案件的法院对案件无管辖权时，而向受诉法院或受移送案件的法院提出的不服管辖的意见或主张。
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十七条：人民法院受理案件后，当事人对管辖权有异议的，应当在提交答辩状期间提出。人民法院对当事人提出的异议，应当审查。异议成立的，裁定将案件移送有管辖权的人民法院异议不成立的，裁定驳回。
(一)、当事人。有权提出管辖权异议的，只能是本案的当事人，其他诉讼参加人无权就管辖问题向法院提出意见，也不得以此为借口不参加诉讼。提出异议的当事人一般是被告和有独立请求权的第三人，且有独立请求权的第三人主动参加到诉讼中去，视为承认法院对此案的管辖权，不可再提出管辖权异议。
(二)、时间。管辖权异议的时间，必须在法院受理案件之后，并且在提交答辩状期间提出，否则异议无效。超过法定期间，人民法院不再受理。当事人在此期间提出异议后又要求撤回的，法院应予允许。
(三)、形式。诉讼管辖异议应当采取书面形式。但口头形式亦应允许。异议书既可以随答辩状一并提出，也可单独书写。
(四)、提出。
1、管辖权异议书应向受理该案的人民法院提出。受理该案的法院对该案进行实体审理以前，应先审议当事人对管辖权提出的异议，就对该案是否有管辖权问题作出书面裁定。
2、对于满足上述形式要件的管辖权异议，人民法院应慎重地进行实质审查。经审查认为异议成立的，由受诉人民法院作出裁定，将案件移送有管辖权的人民法院审理;经审查认定异议不成立的，则裁定驳回。在审查决定作出前，应停止对本案的实体审理。
3、法院对案件作出的判决发生法律效力后，如果当事人对驳回管辖权异议的裁定和判决一并申诉或申请再审的，法院经过复查，发现管辖虽有错误，但判决正确的，管辖问题不再变动;如经复查，认为管辖和判决均有错误，应按审判监督程序处理。
4、经过再审或者提审，原判决和裁定均被撤销的，应将案件移送有管辖权的人民法院审理。如果人民法院未改变案件的管辖问题，当事人则有权对案件的管辖提出异议。
管辖权异议是刑事案件当事人的诉讼权利，当事人提出管辖权异议，有利于法院确定案件的管辖范围，案件的被告和原告都可以提出管辖权异议，法院会根据具体的情况进行调查，确认成立的，会移交到管辖权归属的法院进行审理。
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