人民检察院对于退回补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，经检察委员会讨论决定，可以作出不起诉决定。作出不起诉决定前应当根据案件情况在法律规定的范围内确定补充侦查的次数。具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：
(一)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;
(二)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的;
(三)据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的;
(四)根据证据得出的结论具有其他可能性的。
对于证据不足不起诉，严格来说有两种情况。
第一种:人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。退回补充侦查次数以两次为限，第一次退回补充侦查后，检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，经检察委员会讨论决定，可以作出不起诉决定，也可以选择继续退回补充侦查。请注意，这里说的是可以;
第二种：对于第二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
以上两种情况，都是以事实不清、证据不足出具不起诉决定书。
检察院对于公安机关或者内部自侦部门移送的刑事案件，如果发现证据并不充足，那么可以退回公安机关补充侦查，也可以是自己进行侦查。在第一次退回补充侦查之后，如果还是认为证据不足，不满足起诉条件的，那么经过检察委员会讨论之后，确实是可以做出不起诉的决定。不过此时需要以事实不清、证据不足出具不起诉决定书才行。
刑事案件在审理的过程中，要是出现证据不足的情况，那么就无法对被告人定罪量刑。如果是在审查起诉阶段，检察院就发现有证据不足的情况，此时可以结合实际要么退回侦查机关补充侦查，要么就直接以证据不足不予起诉。
在我国的刑事犯罪案件的处理程序中，定罪量刑的证据必须做到确实充分。对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，此时我国的人民法院是不能认定被告人有罪，并且也不能处以刑罚。
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