一、公安机关在审查起诉阶段撤案合法吗?
公安机关在审查起诉阶段撤案是合法的，司法实践中，存在大量的公安机关在法定期限内无法侦查终结的案件。而这部分案件基本都是事实不清、证据不足，但是因为被害人上访，领导关注、或社会影响大等因素，公安机关不能及时销案，便对不符合起诉条件的案件先移送检察机关起诉。
二、审查起诉阶段公安撤回案件的原因
1.公安机关“借”审查起诉时间继续侦查。司法实践中，存在大量的公安机关在法定期限内无法侦查终结的案件。而这部分案件基本都是事实不清、证据不足，但是因为被害人上访，领导关注、或社会影响大等因素，公安机关不能及时销案，便对不符合起诉条件的案件先移送检察机关起诉，然后再主动撤案或者在检察机关的建议下被动撤案，从而为自己“借”1至2个月，甚至更长的继续侦查时间。
2.公检两家内部考核以及分工合作的要求。目前公安机关的考核细则中，向检察机关提起公诉的人数是考核的硬性指标。这就导致基层公安机关为了完成考核指标任务，时刻都有向检察机关多起诉犯罪嫌疑人的冲动。考核之后，公安机关的承办人会因案件未达到起诉标准主动大量地撤回案件。检察机关为协调公安、检察之间的关系也会降低了受理起诉案件的门槛，使公安撤回案件的数量相对增加。
3.公、检两家事实观和证据观的不一致。在办理刑事案件时，检察机关相比较公安机关而言具有明显的保守性。这就导致公安机关办理的部分案件虽有一定证据证实，但尚未达到“确实、充分”标准或者本身有争议的案件，会因为公、检两家执法理念的不同而对个案是否构罪产生分歧。同时，由于公安机关普遍存在案件移送审查起诉在公安的程序就已结束的误区，对审查起诉阶段新证据的采集消极对待，导致案件证据不能达到公诉人的要求，最终不得不建议公安机关作撤案处理。
4.公安转移案件风险和社会矛盾的需要。公安机关是直面社会矛盾的一线政府机关，在面临巨大的维稳压力时，就不可避免地就会出现转移案件风险和社会矛盾的情况。最典型的就是公安机关在办理非法吸收公众存款、诈骗、寻衅滋事等案件时，嫌疑人可能不构成犯罪，但是案件的被害人不停上访闹事，或者上级领导重视的情况下，就会将案件移送检察机关，然后撤回。
公安机关有权对犯罪事实认定有误，或者证据不足的案件在审查起诉阶段撤案，其目的也是在于维护法律的严谨性，避免出现犯罪事实认定错误的情况出现，在司法实践中，应当由公安机关和检察机关联合对案件的犯罪事实进行认定，还应当由检察机关进行审查来决定撤案是否具有合法性。
