一、存疑不起诉决定后立案再侦查合法吗？
1、就同一事实，检察院不起诉，公安机关不可以重复立案。
2、如果是存疑不起诉，公安机关发现新的证据足以认定犯罪，可以重新移送审查起诉。
3、如果不是同一事实，而是其他犯罪事实，当然可以立案侦查。
4、是不是合法，要看事实与证据，可以咨询律师或向办案机关提出异议或向检察院申诉反映。
二、不起诉的条件和程序
(一)、绝对不起诉的适用条件以下6种情形之一：
(1)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(2犯罪已过追诉时效期限的;
(3)经特赦令免除刑罚的;
(4)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
(5)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(6)其他法律规定免予追究刑事责任的。
(二)、相对不起诉的适用必须符合以下三个条件：
(1)人民检察院认为犯罪嫌疑人的行为已经构成犯罪，应当负刑事责任;
(2)犯罪行为情节轻微;
(3)依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚。
(三)、适用存疑不起诉应当具备以下条件：
(1)案件经过补充侦查;
(2)定罪证据不足;
(3)不符合起诉条件。
三、我国对不起诉适用的程序
包括：
(一)审查。经过审查起诉，认为需要作不起诉处理的，承办案件的检察官应当写出审查报告，经部门负责人审核，报主管检察长决定或由主管检察长提交检察委员会讨论决定。
(三)宣布和送达。人民检察院应公开宣布不起诉决定，并将不起诉决定书分别送达被不起诉人及其所在单位、被害人或者其近亲属以及被害人的诉讼代理人。送达时，应当告知被害人或者其近亲属、诉讼代理人，如果对不起诉决定不服，可以自收到不起诉决定书后7日内向上一级人民检察院申诉，也可以不经申诉直接向人民法院起诉。对于依照刑事诉讼法第一百四十二条第二款规定而被不起诉的人，应当告知其如果对不起诉决定不服，可以自收到不起诉决定书后7日内向人民检察院申诉。
(四)不起诉的善后工作。不起诉决定宣告及送达后，应及时解除强制措施，解除扣押、冻结，对需要给予被不起诉人行政处罚、行政处分或没收其违法所得的提出检察意见并移送有关主管机关处理等。
(五)报请批准。根据2005年9月最高人民检察院检察委员会第十届第三十九次会议通过的《关于省级以下人民检察院对直接受理侦查案件作撤销案件、不起诉决定报上一级人民检察院批准的规定(试行)》，省级以下人民检察院对直接受理侦查案件作不起诉决定的要报上一级人民检察院批准。
综合上面所说的，对于一起案件如果有证据没有齐全，那么是不能对当事人进行起诉的，而且在决定不起诉之后就必须要马上放人，这样才能算是符合流程的，但对于这起案件如果有什么新罪的话，执法人员那么还是可以再立案证查的。
