补充侦查仍然证据不足可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。
补充侦查有两种情况，即审查起诉阶段的补充侦查和法庭审理阶段的补充侦查。
(一)审查起诉阶段的补充侦查的形式、次数：人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕。补充侦查以2次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。经过两次补充侦查，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。审查起诉阶段的补充侦查，由人民检察院决定。对于公安机关侦查终结，需要补充侦查时，既可以决定将案件退回公安机关补充侦查，也可以决定自行侦查，必要时可以要求公安机关协助。
(二)法庭审理阶段的补充侦查的形式和次数：在法庭审理过程中，检察人员发现提起公诉的案件需要补充侦查，并提出建议的，人民法院可以延期审理。但是该建议以2次为限。人民检察院应当在1个月内补充侦查完毕。合议庭在案件的审理过程中，发现被告人可能有自首、立功等法定量刑情节，而起诉和移送的证据材料没有这方面的证据材料，应当建议人民检察院补充侦查。
根据以上信息可以知道，对于证据不足的情形可以要求补充侦查，若补充侦查仍然不足，就不能起诉了。此时犯罪嫌疑人会被当做是无罪处理。该民事主体可以请求得到国家赔偿，但若是没有在限定的时间范围内提出请求，那么会被认定为是不想得到赔偿。
