存疑不起诉与相对不起诉的区别主要是起诉的条件不同，并且概念也是存在差异的。
1、《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十三条第二款规定，相对不起诉，是指人民检察院对侦查机关侦查终结移送审查起诉的案件，经过审查后，认为犯罪嫌疑人的犯罪行为情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚时，依法作出不起诉的决定。在相对不起诉的条件下，人民检察院既可以作出不起诉决定，也可以作出起诉决定。此时需要向上级检察院报送不起诉意见书。
2、存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。
此规定中包括两个条件：
(1)案件已经经过了补充侦查。这是对案件已经经过补充侦查，仍作不起诉决定的时机控制，也是作该决定的程序条件。一般而言，未进一步收集证据就认为不符合起诉条件。
(2)证据不足，不符合起诉条件的。这是指证据不足以充分证明犯罪嫌疑人的罪行，以至于即使提起公诉，法院经过开庭审理，也很可能会宣告被告人无罪。
二、适用相对不起诉应具备的法定条件有哪些?
1.人民检察院认为犯罪嫌疑人的行为已经构成犯罪，应当负刑事责任。
案件事实清楚，证据确实、充分，犯罪嫌疑人的行为依照刑法规定已经构成犯罪，依法可以追究刑事责任。
2.犯罪行为情节轻微。
从犯罪嫌疑人实施犯罪行为的手段、对象、危害后果、动机、目的等情况以及犯罪嫌疑人的年龄、一贯表现等综合考虑，认为犯罪情节轻微。
3.依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚。
三、存疑不起诉的具体情形有哪些?
根据最高人民检察院《规则》第286条的规定，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：
(1)据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的;
(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的;
(3)据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的;
(4)根据证据得出的结论具有其他可能性的。
刑事案件经由人民检察院审查起诉之前需要经过公安机关进行侦查，如果在公安机关移交人民检察院之后，审查过程中发现案件事实不清、证据不足或者是犯罪嫌疑人的犯罪行为人存在减轻刑罚而不足以让人民法院对其进行刑事处罚的情节的，人民检察院做出不起诉的决定。
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