1、赔偿主体不同。
在民事赔偿中，赔偿的主体不一定是国家，侵权赔偿责任由侵权人本人承担;在国家赔偿中，赔偿主体是国家，虽然国家也可能成为民事赔偿的主体，但是国家作为民事主体时不是以公务身份出现的，不是因为职务行为成为赔偿主体的。国家作为国家赔偿主体时，具体的赔偿义务由某一具体的国家机关代表国家履行，违法行使职权实施侵权行为的国家机关或者实施侵权行为的工作人员所在的国家机关，是国家赔偿法律关系中具体履行赔偿义务的主体(立法机关和国家军事机关除外)，国家赔偿主体与实际赔偿义务机关不像民事赔偿那样是一致的，而是分立的。
2、赔偿范围和种类不同。
国家赔偿的范围有限，一般比民事赔偿窄，在《国家赔偿法》中，不仅规定了受害人有权取得赔偿的16种情形，在第五条和第十七条里，还列举了国家不承担赔偿责任的9种情形，而且民事错判、轻罪重判、公有公共设施损害，国家也不予赔偿。《国家赔偿法》规定国家赔偿的种类有行政赔偿、刑事赔偿和部分非刑事司法赔偿3种，国家损害赔偿内容仅限于直接损失与财产损失，未将间接损失与精神损失作为国家赔偿的损害内容，而在民法典中对后两种损失规定了适度的赔偿。
3、赔偿原则不同。
民事赔偿主要采用归责原则和公平责任原则，归责原则又分为过错责任原则和无过错责任原则两种，另外还有所谓的过错推定原则，它是过错责任原则的一种特殊的表现形式。《国家赔偿法》则采用的是违法原则，在我国只要国家机关及其工作人员的职务行为构成《国家赔偿法》规定的违法行为，即使行为人没有过错，国家也要负赔偿责任;反之，如果国家机关及其工作人员的职务行为合法，即使主观上有过错，国家也不负赔偿责任。
4、赔偿程序不同。
《国家赔偿法》规定了行政赔偿程序和刑事赔偿程序两种。由于引起司法赔偿的损害事实本身发生在诉讼中，受害人可以直接向有关机关申请赔偿，毋庸提起诉讼，国家赔偿中只有行政赔偿可以由受害人向法院提起行政诉讼。受害人在提起国家赔偿诉讼之前往往要先向赔偿义务机关提出赔偿请求，在得不到解决时方可提起诉讼。而民事赔偿则没有这一前置程序，它适用民事第一审普通程序、第二审程序、审判监督程序和执行程序。刑事赔偿程序有自己的特别赔偿程序。先由赔偿请求人向赔偿义务机关请求其确定违法行为，然后向赔偿义务机关提出赔偿请求。赔偿义务机关应在收到申请之日起两个月内给予赔偿，对赔偿不服或有争议的，可以申请复议。若对复议决定不服，可在收到复议决定之日起30日内向复议机关所在地的同级人民法院(中级以上)赔偿委员会申请作出赔偿决定。赔偿义务机关是人民法院的，可以不必经过复议程序，直接向中级以上人民法院的赔偿委员会申请作出赔偿决定。
5、赔偿方式和标准不同。
国家赔偿的主要形式是金钱赔偿，而民事赔偿除采用金钱赔偿方式外，还可采用返还原物、赔礼道歉等10余种形式。由于我国是发展中国家，在赔偿标准上，我国《国家赔偿法》坚持赔偿标准应与人民的平均生活水平和国家财力相适应原则，国家赔偿不可能充分填补受害人的实际损失，只是在尽可能的范围内赔偿受害人的损失，赔偿请求人得到的赔偿往往少于其实际受到的损失。民事赔偿采用的是赔偿应与损失相当原则。
关于刑事赔偿，一般来说是侦办刑事案件过程中可能侵犯到了当事人的某些权利，比如人身自由权和生命权，这样国家就得承担起赔偿责任，但民事赔偿的范围就很广了，在刑事案件中也可以提出附带民事诉讼。
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