1、侵权主体不同。刑事赔偿的侵权主体是行使侦查、检察、审判职权的各级公安机关、国家安全机关、人民检察院、人民法疏、军队保卫部门，以及看守所、监狱管理机关及其工作人员;而行政赔偿的侵权主体是各级行政机关及其工作人员。
2、赔偿的范围不同。刑事赔偿范围是基于行使刑事诉讼法规定的职权而产生的对公民、法人和其他组织的人身、财产损害赔偿，如错误的刑事拘留、错捕、错判、在刑事程序中违法对财产采取查封、扣押、冻结、追缴等措施;而行政赔偿的范围则是基于各类具体行政行为而产生的人身、财产损害赔偿责任。
3、赔偿程序不同。刑事赔偿请求人只能通过申请行政机关复议或向人民法院提出申诉获得救济;而行政赔偿则除此之外还可以通过向人民法院提起行政赔偿诉讼获得救济。
人民法院既是赔偿义务机关，又是主持解决赔偿争议，决定是否赔偿的机关。尽管主持解决赔偿争议的人民法院和履行赔偿义务的人民法院并非同一个人民法院，但他们毕竟同在人民法院系统，这似乎有悖于“任何人不得为自己案件的法官”这古老的公正法则。同时，人民检察院本是对法院审判活动实行监督的机关，而在刑事赔偿中。
人民检察院则要作为当事人接受人民法院的审判。这些特殊情况决定了刑事赔偿不能作为一般的案件对待，由人民法院既设的任何一个审理机构处理。因而，国家赔偿法确定了刑事赔偿由人民法院特设的赔偿委员会来处理。
办理时，需要详细的说明案件的经过和自身的诉讼请求，有责任机关和人民法院进行审理，符合法律规定的应该补偿受害人员的合法损失，不符合法律规定的应该驳回案件的申请。受害者不服的，也可以向上级主管部门要求复议办理。
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