1、侵权主体不同。
刑事赔偿的侵权主体是行使侦查、检察、审判职权的各级公安机关、国家安全机关、人民检察院、人民法疏、军队保卫部门，以及看守所、监狱管理机关及其工作人员;而行政赔偿的侵权主体是各级行政机关及其工作人员。
2、赔偿的范围不同。
刑事赔偿范围是基于行使刑事诉讼法规定的职权而产生的对公民、法人和其他组织的人身、财产损害赔偿，如错误的刑事拘留、错捕、错判、在刑事程序中违法对财产采取查封、扣押、冻结、追缴等措施;而行政赔偿的范围则是基于各类具体行政行为而产生的人身、财产损害赔偿责任。
3、赔偿程序不同。
刑事赔偿请求人只能通过申请行政机关复议或向人民法院提出申诉获得救济;而行政赔偿则除此之外还可以通过向人民法院提起行政赔偿诉讼获得救济。
《国家赔偿法》
第三条 行政机关及其工作人员在行使行政职权时有下列侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：
(一)违法拘留或者违法采取限制公民人身自由的行政强制措施的;
(二)非法拘禁或者以其他方法非法剥夺公民人身自由的;
(三)以殴打、虐待等行为或者唆使、放纵他人以殴打、虐待等行为造成公民身体伤害或者死亡的;
(四)违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的;
(五)造成公民身体伤害或者死亡的其他违法行为。
第四条 行政机关及其工作人员在行使行政职权时有下列侵犯财产权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：
(一)违法实施罚款、吊销许可证和执照、责令停产停业、没收财物等行政处罚的;
(二)违法对财产采取查封、扣押、冻结等行政强制措施的;
(三)违法征收、征用财产的;
(四)造成财产损害的其他违法行为。
第五条 属于下列情形之一的，国家不承担赔偿责任：
(一)行政机关工作人员与行使职权无关的个人行为;
(二)因公民、法人和其他组织自己的行为致使损害发生的;
(三)法律规定的其他情形。
行政执法和刑事诉讼是不一样的，在行政执法的过程中违法行使职权造成相应的危害后果的，那么行政机关就要承担赔偿责任。刑事赔偿和行政赔偿标准都要结合给被侵权人造成的具体影响确定。
延伸阅读：
刑事赔偿方式是什么
刑事赔偿计算标准是什么
刑事赔偿的范围是什么
