强奸案件的证据应当有：
1、按现场勘察笔录：现场遗留的饮料、水杯、针管、针剂或者酒瓶、酒杯中等其他物证。如在麻醉类强奸案件中，存在加害人在饮料中添加春 药、麻醉剂的现象，此类物证也 需要结合鉴定结论等其他证据予以印证。
2、被害人陈述：被害人所作的陈述，是证明强奸行为存在的直接证据。立案的条件需要有犯罪事实，被害人的陈述是证明犯罪事实存在的证据。
3、精斑检验鉴定、DNA鉴定：如可证明有性行为发生的场物品类证据，如遗留有嫌疑人、受害人精斑、血迹、毛发或者体液混合物的避孕套、床单、被套、枕巾、枕套、纸巾等物品，这类物证一般需要结合鉴定结论予以印证。
4、被告人口供(当然其他证据充分，没有被告人口供也可定罪)及相关证人证言：犯罪嫌疑人供述、辩解。立案的条件需要有犯罪嫌疑人，犯罪嫌疑人为直接主体，其证据较为直观。
确定是否为强奸，还要丛发案时间、发案地点、男女双方认知程度、衣物有无在案发时被撕破以及报案时间等情况综合研究确定。
二、强奸罪立案的条件是什么
立案的事实条件，即有犯罪事实或犯罪嫌疑人有犯罪事实，是指有被客观、真实的证据所证明的危害社会的犯罪行为的存在，包括犯罪的预备、实施、未遂、中止和既遂，但是，这不意味着证实犯罪的证据需要确实充分，但也不应是办案人员凭估计、猜测得出的结论。
这里所指“有犯罪事实”，主要是指犯罪事件已经发生，即有犯罪的客体和客观要件;而对犯罪主体和犯罪主观方面的查明则不是立案的必要条件，而是立案后需要进一步查清的问题。因此，此时的证据并不要求达到充分的程度，也不要求一定要查获犯罪人，更不要求查明全部案件的事实和情节。
第一次性行为是违背妇女意志的，符合强奸罪的特征，但妇女未告发，以后又多次自愿与男方发生性关系，可不再追究强奸罪的刑事责任。但是，如果在第一次强奸之后，男方利用女方不敢声张的弱点，采用威胁方法继续纠缠女方，使其忍辱从奸，应当认定为强奸罪。
强奸的暴力程度其实也是蛮高的，主要是为了压制被害女性的反抗，在这样的情况下就很容易造成女性人身受伤。所以强奸罪侵犯的法益就是复杂的，包括女性的性自由权和人身权。当然也只有在认定构成了强奸罪之后，才能依法追究行为人的刑事责任。
很多时候，犯强奸罪的都是男子，但是妇女在教唆男子或者帮助男子强奸的时候，可以作为强奸罪的共同犯罪进行处罚。应当按照她在强奸犯罪活动中所起的作用，分别定为教唆犯或从犯，依照刑法有关条款论处。是否构成强奸罪，需要结合证据判断。因此，在发生强奸案后，受害人一定要尽快的向公安机关报案，方便侦查机关能够收集到有效证据，如果间隔时间较长的话，公安机关很有可能就不会立案了，因为此时的证据大部分都已经灭失。
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