非法经营罪与销售假药罪存在着犯罪主客体、主客观、主客体等方面的不同。
构成生产、销售假药罪的关键，是生产、销售假药的行为是否足以产生严重危害人体健康的结果。实践中对足以严重危害人体健康的判断，一般来说应依赖于对假药这种物质和他人使用假药的可能性的事实判断。例如。对假药的成分、性质、效用的医学鉴定以及对他人使用假药的可能性的推断。对于虽属假药，但对人体健康不一定产生严重危害的情况，需进行具体鉴定，若药品本身不危害人体健康的，当然不能认定为构成生产、销售假药罪，此时，如果扰乱市场秩序，情节严重的，可以以非法经营罪定罪;若药品本身可能会对人体健康产生严重危害的，当然应认定为生产、销售假药罪。
(一)非法经营罪
1、犯罪客体
非法经营罪侵犯的客体应该是市场秩序。
2、客观方面
客观方面表现为未经许可经营专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品、买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件，以及从事其他非法经营活动，扰乱市场秩序，情节严重的行为。
3、犯罪主体
本罪的主体是一般主体，即一切达到刑事责任年龄、具有刑事责任能力的自然人。
4、主观方面
主观方面由故意构成，并且具有谋取非法利润的目的。
1、客体方面
侵犯客体是复杂客体，既侵犯了国家对药品的管理制度，又侵犯了不特定多数人的身体健康权利。
2、客观方面
客观方面表现为生产者、销售者违反国家的药品管理法律、法规，生产、销售假药，足以严重危害人体健康的行为。
3、主体方面
4、主观方面
主观方面表现为故意，一般是出于营利的目的。当然，生产者、销售者是否出于营利目的并不影响本罪的成立。行为人的主观故意主要表现为有意制造假药，即认识到假药足以危害人体健康而对此持希望或放任的态度;在销售领域内必须具有明知是假药而售卖的心理状态，对不知道是假药而销售的不构成销售假药罪。
总之，非法经营罪是违背市场秩序并存在非法经营行为的犯罪行为，而销售假药罪是既违反法律法规又侵犯人体生命健康权的犯罪行为。两者都是阻碍药品市场秩序有序运营的违法行为，存在一定的交叉，但两者是不同的罪名，不能混为一谈。
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