一是两者主观故意的内容不同。贪污罪的主观故意是非法占有公共财物，不准备归还;而挪用公款罪的主观故意是暂时占有并使用公款，打算以后予以归还。
二是两者的行为方式不同。贪污罪在客观上表现为使用侵吞、盗窃、骗取等方法将公共财物据为己有，由于行为人往往采取销毁、涂改、伪造单据、账目等手段，故在现实生活中难以发现公共财物已经被非法侵吞;而挪用公款罪的行为表现为擅自决定动用本单位公款，虽然有时也采取一些欺骗手段，但一般不采用侵吞、盗窃、骗取手段。在挪用公款案件中，行为人通常会在账面上留下痕迹，甚至会留下借款凭证，没有平账举动，因而通过查账能够发现公款被挪用的事实。
挪用公款罪是指国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的行为。国有金融机构工作人员和国有金融机构委派到非国有金融机构从事公务的人员，利用职务上的便利，挪用本单位或者客户资金的，以挪用公款罪追究刑事责任。
《刑法》第三百八十四条【挪用公款罪】国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的，是挪用公款罪，处五年以下有期徒刑或者拘役;情节严重的，处五年以上有期徒刑。挪用公款数额巨大不退还的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。 挪用用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物归个人使用的，从重处罚。
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