1、主体不同：亲友非法牟利罪主体只限于国有公司、企业、事业单位的工作人员，而贪污罪主体还包括国家机关工作人员和受委托管理、经营国有财产的人员。
2、犯罪案件管辖方面：为亲友非法牟利罪由公安机关管辖，贪污罪由检察机关管辖。为亲友非法牟利罪，是指国有公司、企业、事业单位的工作人员，利用职务便利，将本单位的盈利业务交由自己的亲友进行经营，或者以明显高于市场的价格向自己的亲友经营管理的单位采购商品或者以明显低于市场的价格向自己的亲友经营管理的单位销售商品，或者向自己的亲友经营管理的单位采购不合格商品，使国家利益遭受重大损失的行为。
第一，看行为人是否利用了职务便利。如果行为人没有利用职务便利，即使对其亲友所进行的经营活动提供了帮助，也不能以本罪论处。
第二、看行为人通过实施背信经营行为而使国家利益遭受的损失是否达到重大，如果行为人的背信经营行为未使国家利益遭受的损失达到重大的程度，就不能以本罪论处。数额是否巨大不是构成本罪的必要要件，因为本条中并无行为人非法获利及其数额大小的规定，而只有行为人利用职务便利，实施背信经营行为，使国家利益遭受重大损失或特别重大损失的规定，因此，划分本罪与非罪的界限，其标准之一，应为行为人实施背信经营行为而使国家利益遭受的损失是否达到重大或特别重大。
第三，背信经营罪的犯罪主体为特殊主体，即国有公司、企业、事业单位工作人员，除此以外人员的背信经营行为不构成本罪，对于他们的背信经营行为只能追究其民事责任和行政责任。如果构成侵占或者其他犯罪的，应以相关犯罪论处。
综合上面所说的，贪污罪与为亲友非法牟利罪是属于两种完全不同的行为，但对于这两种都是以自己的职务之便做出不合法的事情，只要构成犯罪那么必定就需要承担起刑事的责任，所以，对于不同的情形所存在的处理的方式是完全不一样的。
延伸阅读：
第一百六十六条 国有公司、企业、事业单位...
1、将本单位的盈利业务交由自己的亲友进行...
处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处...
