合同诈骗案件中单位诈骗罪的立案标准是，诈骗数额在5万元至20万元以上的。
根据最高人民检察院、公安部《关于经济犯罪案件追诉标准的规定》，以非法占有为目的，在签订、履行合同过程中，骗取对方当事人财物，涉嫌下列情形之一的，应予追诉：
1、个人诈骗公私财物，数额在5000元至2万元以上的。
2、单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员以单位名义实施诈骗，诈骗所得归单位所有，数额在5万元至20万元以上的。
《中华人民共和国刑法》
第二百二十四条 【合同诈骗罪】有下列情形之一，以非法占有为目的，在签订、履行合同过程中，骗取对方当事人财物，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金;数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产：
(一)以虚构的单位或者冒用他人名义签订合同的;
(二)以伪造、变造、作废的票据或者其他虚假的产权证明作担保的;
(三)没有实际履行能力，以先履行小额合同或者部分履行合同的方法，诱骗对方当事人继续签订和履行合同的;
(四)收受对方当事人给付的货物、货款、预付款或者担保财产后逃匿的;
(五)以其他方法骗取对方当事人财物的。
单位构成合同诈骗罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照个人犯罪的规定处罚。
普通的诈骗罪，其犯罪主体不包括单位，如果是合同诈骗罪，合同诈骗罪的犯罪主体包括单位。单位构成合同诈骗罪的，对单位判处罚金，对单位的主管人员可以判处3~10年不等有期徒刑。
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