二审的被告对法院管辖权有异议时，是可以提出管辖权异议的，如果法院审理后异议成立的，会将案件移送有管辖权的法院受理，但不会驳回起诉。
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百二十七条 人民法院受理案件后，当事人对管辖权有异议的，应当在提交答辩状期间提出。人民法院对当事人提出的异议，应当审查。异议成立的，裁定将案件移送有管辖权的人民法院;异议不成立的，裁定驳回。
当事人未提出管辖异议，并应诉答辩的，视为受诉人民法院有管辖权，但违反级别管辖和专属管辖规定的除外。
第一百六十四条 当事人不服地方人民法院第一审判决的，有权在判决书送达之日起十五日内向上一级人民法院提起上诉。
当事人不服地方人民法院第一审裁定的，有权在裁定书送达之日起十日内向上一级人民法院提起上诉。
一般情况下，提出管辖权异议的当事人是被告。由于受诉法院一般是原告起诉时选定的，因而，很少发生原告提出管辖权异议的情况。被告参加诉讼受被动应诉，因而大多数管辖权异议时被告提出的。对于第三人提出管辖权异议的要分别情况予以处理。有独立请求权的第三人如果是主动参加他人已经开始的诉讼，应视为承认和接受了受诉法院的管辖，不应发生管辖权异议的问题;如果是受诉法院通知其参加诉讼，那么他有权提出管辖权异议，决定自己是以有独立请求的第三人身份参加诉讼，还是以原告的身份向其他有管辖权的法院另行起诉。无独立请求权的第三人参加他人已经开始的诉讼是通过支持一方当事人的主张而维护自身的利益，他在诉讼中始终辅助一方当事人，并以一方当事人的主张为转移，因而，他无权对管辖权提出异议。
民事诉讼法规定，当事人对管辖权有意义的，应当在提交答辩状期间提出。被告提出管辖权异议期间，为其收到应诉通知书之日起十五日内，期满被告不提出管辖权异议的，应视为无意义和放弃异议权的行使，人民法院不予审议。把提出管辖权的时间限制在案件进入实体审理之前，是为了避免因管辖权异议而造成的时间、人力、物力的浪费，避免正在审理中的案件被不适当的迟延。
(三)辖权异议只能在第一审中提出
在二审、重审、再审当事人不能提出管辖权异议，当事人只能选择和应诉的法院，不能选择上诉法院、重审法院、再审法院虽然第二审程序中也有一个提交答辩状期间的问题，但从立法本意看，当事人在第二程序，无权提出管辖权异议。因为一审没有提出，就放弃了这种权利，已进入实体审理。一审实体都审理完毕，在第二审程序中又提出管辖权异议，岂不是没完没了，拖延审判时间，造成更大浪费。
综合上面所说的，提出管辖权异议是属于案件当事人拥有的权利，一般在二审提出时就需要在提交答辩状时提出来，如果异议成立法院就会把案件移送到有管辖权的法院，所以，案件的管辖都是有法律依据的，不同的情形会做出不同的处理。
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