1.犯罪主体不同。挪用公款罪是特殊主体，即只由国家工作人员构成;挪用资金罪是公司、企业或其他单位中从事一定管理性职务的人员。对于国有公司、企业或其他单位的工作人员，或者国有单位委派到非国有单位依法从事公务的人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金或者借贷给他人的行为，应按挪用公款罪论处。对于受国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托，管理经营国有财产的非国家工作人员，利用职务上的便利，挪用资金归个人使用构成犯罪的，应当依照挪用资金罪定罪处罚。
2.犯罪客体不同。挪用公款罪即侵犯国家工作人员的职务廉洁性，也侵犯公共财产的占有、使用、收益权;挪用资金罪侵犯的客体是公司、企业或其他单位的财产权。可见，挪用资金罪所侵害客体的范围，比挪用公款罪广。
3.犯罪的对象不同。挪用公款罪既包括当然的公共财产，也包括拟定的公共财产以及接受委派的国家工作人员所在的非国有单位的资金。挪用资金罪的犯罪对象，是公司、企业所有公共财产属性的公款，它既包括资金、有价证券，也包括特定款物。
4.刑罚不同。根据我国《刑法》第384条的规定，犯挪用公款罪的，处5年以下有期徒刑或者拘役;情节严重的，处5年以上有期徒刑。挪用公款数额巨大不退还的，处10年以上有期徒刑，或者无期徒刑。而根据刑法典第272条的规定，犯挪用资金罪的，处3年以下有期徒刑或者拘役;挪用本单位资金数额巨大的，处3年以上7年以下有期徒刑;数额特别巨大的，处7年以上有期徒刑。显然，挪用公款罪比挪用资金罪的刑罚更重。
挪用单位资金行为是构成挪用公款罪还是挪用资金罪，只须考察行为人身份予以判定：
(1)国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体中的国家工作人员(含“准国家工作人员”身份的人，利用职务上的便利挪用本单位资金归个人使用的，构成挪用公款罪;
(2)国家机关等国有单位中非国家工作人员挪用本单位资金归个人使用的，构成挪用资金罪;
(3)国家机关、国有公司、企业、事业单位委派到非国有公司、企业、事业单位、社会团体从事公务的人员以及其他依照法律从事公务的人员(包括党的机关、政协机关中从事公务的人员)，利用职务上的便利挪用本单位资金归个人使用的，构成挪用公款罪;如果非国有公司、企业、事业单位、社会团体中从事公务的人员实施同种行为，构成挪用资金罪。
挪用公款罪与挪用资金罪除了有不同点以外，同时也还有很多相似之处。例如，两罪都侵犯了财产的所有权;都利用职务之便，将单位财产挪归个人使用;都区分了三种不同的形式;主观方面都是直接故意，目的也都是暂时占用等。
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