(1)侵犯的具体客体对象不同
挪用公款罪侵犯的是公款的使用权，侵犯的对象主要是一般的公款，也包括其他的公物及特定款物;挪用特定款物罪侵犯的是国家财经管理中七种特定款物的专用制度，侵犯的对象限于特定款物。
(2)客观方面表现不同
挪用公款罪表现为挪用公款归个人使用的行为;挪用特定款物罪表现为把特定款物挪作其他公用事项，并且情节严重，致使国家和人民群众利益遭受重大损失的行为。
(3)犯罪主体不同
挪用公款罪的主体是国家工作人员;挪用特定款物罪的主体一般是国家工作人员，主要是掌握国家救灾、救济等款物的财会人员或有权调拨特定款物的人员，即直接责任人员。
(4)主观方面不同
挪用公款罪的挪用是为了个人使用或者借给他人使用;挪用特定款物罪的挪用则是为了单位另行使用。
二、挪用公款罪与贪污罪的区别
两者在客观上都侵犯了公共财物的所有权;两者在客观上均是利用职务之便;主观上两者都是出于直接故意。但是，作为两种不同犯罪形式，两者又有如下区别：
(1)对犯罪客体侵犯程度与犯罪对象的范围不同。前者只侵犯公共财物所有权中的占有、使用、收益三种权能，而后者侵犯了包括出有、使用、收益、处分权能的公共财产所有权的四种权能;就犯罪对象而言，前者为公款和特定公物，后者为公共财产。
(2)犯罪的行为方式不同，前者是使用公款，后者是占有财物。
(3)犯罪的目的不同。前者只是暂时使用，后者为永久占有。
(4)犯罪的危害程度不同。挪用公款的数额并不等于对所有者造成的实际损失额，公款的本息要全部归还或追缴;而贪污数额就是对所有者的财产造成的实际损失数额。
(5)构成犯罪的时限要求不同。前者挪用公款数额较大归个人进行非营利性的合法使用的，必须非法控制公款超过三个月未还才构成犯罪;而贪污罪只要非法占有了公物即构成犯罪。
(6)在特定情况下的法律后果不同。如挪用公款未超过一万元归个人进行非营利性的合法使用时，超过三个月后在案发前全部归还本息的，可不认为犯罪;而贪污行为一经实施，即使在案发前全部退赃也不影响其犯罪的构成。
(7)量刑程度不同。后者要比前者处罚重。
虽然挪用特定款物罪与挪用公款罪在某些方面确实存在一定的相似之处，但总的来说还是两个不同的罪名。除了上述四方面存在差异外，其实在立案标准、量刑标准等方面，法律上面作出的规定还是不同。另外就挪用公款罪与挪用资金罪而言，其实也是不同的，而最大的差异就在犯罪主体上。
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