1.侵犯的客体和对象不同
(1)、挪用资金罪侵犯的客体是公司、企业或者其他单位的资金的使用权，对象是公司、企业或者其他单位的资金。
(2)、挪用特定款物罪侵犯的客体是国家对用于救灾、抢险、防汛、优扰、扶贫、移民、救济款物专款专用的财经管理制度和公共财物的使用权，对象是用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济的特定物款，既包括用于上述用途的由国家预算安排的民政事业经费，也包括临时调拨的专款物，还包括其他由国家、集体或者人民群众募捐的用于上述用途的特定款物等。
2.在客观上的表现不同
(1)、挪用资金罪表现为，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。
(2)、挪用特定款物罪表现为，挪用用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物，情节严重，致使国家和人民群众利益遭受重大损害的行为。挪用资金罪中行为人挪用的资金，可以归个人使用，也可以借贷给他人，挪用特定款物罪是行为人未经合法批准，利用特定的职权，将特定款物非法调拨、使用于其他方面，如修建楼堂馆所、购买小汽年及办公设备，进行生产、经营性的投资等，不能用于个人。国家工作人员挪用前述特定款物归个人使用的，以挪用公款罪从重处罚。
3.犯罪主体不同
(1)、挪用单位资金罪的主体是公司、企业或者其他单位的工作人员，不包括国家工作人员。
(2)、挪用特定款物罪的主体是在国家机关等单位支配、管理特定款物的主管人员等直接责任人员。
4.主观上不同
(1)、挪用资金罪中行为人的故意内容是，明知是其所在的公司、企业或者其他单位的资金，意图利用职务上的便利，挪归个人使用或者借贷给他人。
(2)、挪用特定款物罪中行为人的故意内容是，明知是用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物专用，却挪作他用。
以上就是挪用特定款物罪和挪用资金罪的犯罪事实认定和处理情况，在司法实践中，两者的法律适用标准显然是不同的，如果对相关情况的处理不清楚的，可以按照法律上规定的情况来进行合法的处理，避免法律适用错误的情况发生。
延伸阅读：
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