两者主要具有以下区别：
(一)犯罪客体的区别
滥用职权罪的直接客体是国家机关工作人员职务活动的正当性，玩忽职守罪的直接客体是国家机关工作人员职务活动的勤政性。
(二)犯罪客观方面的区别
1、行为性质的区别。滥用职权罪在客观方面的本质属性是对职权的“滥用”。
这种“滥用”主要表现为两种情形：一是超越职权的滥用，即行为人超越法定权力范围，违法决定无权决定的事项、擅自处理无权处理的事务;二是违法行使职权的滥用，即行为人违反法定办事程序，胡作非为，随心所欲地违法处理公务。
玩忽职守罪在客观方面的本质属性是对职守的“玩忽”。
这种“玩忽”行为，主要表现为两种情形：一是不履行职责，即行为人严重不负责任，对法定职责义务，该为而不为，放弃职守、擅离岗位;二是不认真履行职责，即行为人严重不负责任，对法定职责义务，敷衍塞责。
2、行为方式的区别。从行为方式上讲，滥用职权罪和玩忽职守罪都既可以由作为构成，也可以由不作为构成，只是行为的主要方式有所区别，即滥用职权罪主要表现为作为，玩忽职守罪多数表现为不作为。
3、结果要件的区别。根据相关司法解释，滥用职权造成死亡1人，或者重伤2人、轻伤5人以上即可立案;玩忽职守除造成死亡1人以外，重伤要3人、轻伤10人以上才能立案。
