1、法律关系主体不同。
工伤事故赔偿产生于具有劳动关系的用人单位与劳动者之间，获得赔偿的权利人是因工伤事故遭受人身损害的劳动者，赔偿义务人是与劳动者具有劳动关系的用人单位。因此，工伤事故赔偿法律关系主体之间具有劳动关系，是其显著特征。而交通事故赔偿法律关系主体之间则无此特殊要求。
2、适用法律不同。
工伤事故赔偿属于劳动法规定的工伤保险责任范畴，适用《劳动法》和《工伤保险条例》的规定。交通事故赔偿属于民事侵权责任，适用《民法典》、《道路交通安全法》和最高人民法院《关于审理人身损害赔偿案件若干问题的解释》等法律、司法解释的规定。
3、归责原则不同。
工伤事故赔偿适用无过错责任，不论劳动者对工伤事故的发生是否具有过错，用人单位均承担完全的赔偿责任。交通事故赔偿一般适用过错责任，即对事故的发生具有过错才承担赔偿责任。
4、主张权利的时效不同。
根据《劳动争议调解仲裁法》第27条规定，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起1年内申请劳动仲裁，根据《民法典》的规定，交通事故赔偿主张权利的诉讼时效为3年，逾期便丧失了主张权利的胜诉权。
5、主张权利的程序不同。
据《工伤保险条例》、《劳动法》规定，工伤事故赔偿应当先行申请工伤认定和劳动争议仲裁，对仲裁裁决不服的，方可向人民法院起诉。而交通事故赔偿则无此前置程序，根据《道路交通安全法》第74条规定，公安交通管理部门在做出《事故认定书》后，如双方当事人未申请调解或调解未能达成协议或调解书生效后未履行的，即可向人民法院起诉。
《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》
第三条 依法应当参加工伤保险统筹的用人单位的劳动者，因工伤事故遭受人身损害，劳动者或者其近亲属向人民法院起诉请求用人单位承担民事赔偿责任的，告知其按《工伤保险条例》的规定处理。
因用人单位以外的第三人侵权造成劳动者人身损害，赔偿权利人请求第三人承担民事赔偿责任的，人民法院应予支持。
虽然交通事故赔偿跟工伤赔偿的差别比较大，但在司法实践中有一部分交通事故可能正好跟工伤重合，对于这类交通事故，公司、侵权人以及工伤保险机构三方都需要承担赔偿责任，但相关的赔偿并不是双倍的。
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