二手房合同纠纷作为民事纠纷，可以通过协商或者诉讼的方式予以处理。
1、协商处理。
所谓协商处理，就是二手房买卖合同的当事人对合同中有争议的部分进行协商，从而对原合同中规定的或者没有规定的内容进行修改、删除和增加。当事人按照协商后的内容履行各自的权利义务。
二手房买卖纠纷的协商处理，可以理解为把先前的二手房合同作废掉，然后经过协商后再签订新的合同。协商处理二手房纠纷的优点在于，减少了当事人的成本，有利于纠纷的迅速解决。
2、起诉处理。
如果二手房买卖的当事人不能通过协商的方式解决二手房合同纠纷，那么，就只能向法院起诉，要求法院来处理二手房买卖纠纷。
法院处理二手房买卖纠纷的主要依据是《民法通则》和《合同法》以及二手房买卖合同。一般来说，除非存在特殊情况，比如欺诈、胁迫等，否则法院都会尊重二手房买吗合同的约定。最终，法院对二手房买卖纠纷的处理主要是以二手房合同为依据。
不过，打官司最重要的问题是证据，没有证据，口头上的主张法院都是难以支持的。我国民事诉讼实行的是谁主张谁举证的原则，也就是说，当事人自己提出一项主张，就必须同时拿出一份证据来证明，否则法院就一般不会认可这个主张。
1、买卖双方(卖方如果结了婚，必须夫妻双方都到)持买卖协议、双方《身份证》(卖方夫妻双方都要，还 要户口本)、原《房屋所有权证》到房地产交易管理部门申请办理房屋产权转让手续;并申报交易价格;
2、房地产交易管理部门根据需要(实际上是必须，因为房地产交易管理部门一般和房地产评估机构是一伙的)，要求对交易的房地产进行价格评估;
3、由买方到财政部门缴纳契税，卖方到地方税务局申报缴纳营业税、个人所得税(根据情况有优惠政策)，任任何买卖双方(也可以在合同或协议中约定一方)到房地产交易管理部门缴纳交易费、工本费;
4、等待领《房屋所有权证》
5、买方持新的《房屋所有权证》和原来的《土地使用权证》到国土资源管理部门办理土地使用权变更手续，工本费，领取新的《土地使用权证》。
二手房买卖合同在当今社会还是比较常见的，因为现在房屋的价格不仅是越来越高了，因此购买二手房是非常合理的方式。但是购买二手房的时候需要注意的事项也是比较多的，因为二手房买卖手续是需要到房管部门来进行交易。发生纠纷可以协商，也可以诉讼。
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