1、认定合同是否有效，应当以《中华人民共和国民法典》（自2021年1月1日起实施）中规定的合同有效要件为标准，符合合同有效要件的合同有效，否则无效。
小产权房买卖合同归根结底是合同，要遵守《民法典》的规定，只要符合合同的构成要件且不违反禁止性规定，就应当认定合同有效。根据《民法典》的规定，当事人订立合同应当有民事行为能力;意思自治;且不违反法律、行政法规的强制性规定和社会的公序良俗。最高人民法院《关于适用<中华人民共和国合同法>若干问题的解释(一)》第四条规定，合同法实施后，人民法院确认合同无效，应当以全国人大及其常委会制定的法律和国务院制定的行政法规为依据，不得以地方性法规、行政规章为依据。而现行的法律和行政法规没有一部明确对小产权房做出禁止性规定，无论是国务院下发的通知、决定，还是国土资源部下发的意见，都不是法律也不是行政法规。所以只要当事人具有民事行为能力且意思自治，小产权房买卖合同就应当被认定为有效。
2、小产权房买卖合同不违反《中华人民共和国民法典》条的禁止性规定。
有下列情形之一的，合同无效：一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益;恶意串通，损害国家、集体或第三人利益;以合法形式掩盖非法目的;损害社会公共利益;违反法律、行政法规的强制性规定。对于小产权房买卖来说，双方订立合同处分自己的财产，不存在恶意串通或胁迫订立合同的问题，即使有一方隐瞒了真实情况，实施了欺诈行为，也只是损害了另一方的利益，而没有损害国家利益。
小产权房的买卖同样也不会损害集体和第三人的利益，基于一户一宅的规定，房屋卖出后，不能再申请宅基地，所以不会对集体和第三人的利益构成危害，现今的农民在宅基地上通常是建楼房，除了自己居住的一两套房屋外，还留有多套空闲房屋，将这些空闲房屋出卖给第三人，并不会使农民失去其赖以居住的土地，相反的小产权房的建设和买卖增加了农民的收入。小产权房的买卖双方一方是寻求自身经济的增长，另一方是为了满足自身住房的需求，这些目的不能算是非法。
至于损害社会公共利益更是无从谈起，除非小产权房对社会公益设施构成威胁或侵害了不特定多数人的利益。至于该条的第五款，前面已叙述过，没有任何一部现行的法律、行政法规对小产权房做出禁止性规定。
3、如果认定合同有效，符合诚实信用原则，有利于保护守信方的利益，有利于促进交易安全。
现行的小产权房买卖合同纠纷中，要求确认合同无效的一方通常是出卖方，起因大多是因为房屋卖出后，由于当地房价上涨或政府拆迁补偿费远远高于当时的出卖价格，出卖人觉得吃了亏，遂以买卖合同违反国家禁止性规定为由要求法院认定买卖合同无效。这种在合同签订并履行后，因利益的驱动而产生悔意，并试图通过以确认合同无效的方式要回房屋的行为，不具有正当性。小产权房买卖因违反国家规定而无法过户办证，对于出卖人来说是明知的，出卖人在卖出房子后，又以合同违反规定要求确认无效，这是一种恶意抗辩，如果认定了合同无效，无疑是对不诚信者的纵容，不利于保护交易安全，同时也是对诚实信用原则的违反。
这里笔者需要说明的一点是，保护守信方的利益、促进交易安全与保护弱者之间的关系。通常公众认为农民是弱势群体，认定小产权房买卖合同有效是否有利于保护弱势群体是个值得商榷的问题。目前关于弱势群体还没有一个统一的定义，它主要是一个用来分析现代社会经济利益和社会权力分配不公平、社会结构不协调、不合理的概念。笔者认为弱势群体是相对而言的，是有一定的时间、区域限制的。
对于房地产市场来说，现在商品房的房价飞涨，作为比商品房价格低数倍的小产权房，绝对具有市场竞争力，小产权房所有者的农民在小产权房市场上处于优势地位;而无力购买商品房的城镇居民，在此市场中则处于劣势地位，他们才是这个市场中的弱势群体。认定小产权房买卖合同有效，正是保护了这部分弱势群体，两者并不冲突。农民并非是智力低下者，作为一个思维正常的人都有趋利避害的本性，在改革开放十几年的这种大背景下，农民完全有能力和智力判断出卖小产权房对其是否有利。如果认定小产权房买卖合同无效，那么基于趋利避害的本性，将会有更多的出卖者在有利可图的时候，选择撕毁协议来赚取更多的金钱，这无异于纵容了行为人的违法和不诚信，破坏了交易的安全性。
4、从《中华人民共和国民法典》的相关规定中可以看出，认定小产权房买卖合同有效是符合《民法典》精神的。
《中华人民共和国民法典》第二百三十一条规定，因合法建造、拆除房屋等事实行为设立或者消灭物权的，自事实行为成就时发生效力。第二百三十二条处分依照本节规定享有的不动产物权，依照法律规定需要办理登记的，未经登记，不发生物权效力。从以上规定可以看出，只要房屋是合法建造的，自房屋建成之日起物权就产生了，物权是权利人依法对特定的物享有直接支配和排他的权利，包括所有权、用益物权和担保物权。村民在宅基地上建造房屋，自房屋建成之日起，就对其建造的房屋享有所有权，所有权是一种最完整的物权，是所有权人对自己的不动产或者动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利。既然所有权人有权处分自己所有的不动产，那么其买卖小产权房就是合法的，只是在未经登记的情况下，不发生物权变动的效力，但买卖合同本身是成立并生效的。
我们可以从以上四点中得知小产权房屋买卖合同怎么才能判定有效，其实对于小产权房屋这一特殊体，也有相关的法律认为是不可以进行买卖的，但是它又不违反《民法典》的相关规定，所以想要买卖合同有效可以从以上四点着手。
