违章建筑的房屋根据房屋建设的时间来判定赔偿的方法。但违章建筑建设的时间较近的话，赔偿不能全额赔偿，要看各地的执行办法而定。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。
市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。
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