合同变更同损害赔偿的关系比较复杂，既包括是否赔偿问题，也包括赔偿范围问题，需要根据具体情况分别处理。
1、因当事人原因(含订约过错、违约原因和当事人自身其他原因)而变更合同的赔偿责任。在因当事人原因变更合同的，如果造成损失，应当由责任方负责赔偿。在双方都无过错的情况下，提出变更的一方当事人应负变更的责任。
需要指出的是，如果合同的变更是由于双方当事人的责任，就应根据各自责任的大小，由各自分担相应的责任。
2、因上级机关原因而变更合同的赔偿责任。根据《民法通则》一百一十六条规定，当事人一方由于上级机关的原因，不能履行合同原义务的，应当按照合同的约定向另一方赔偿损失或者采取其他补救措施，再由上级机关对它因此受到的损失负责处理。因当事人上级机关原因而变更合同的，可以归为上述因当事人原因而变更合同内。
合同变更是指当事人对已经发生法律效力，但尚未履行或者尚未完全履行的合同，进行修改或补充所达成的协议。当事人协商一致可以变更合同。协商一致是合同变更的必要条件、任何方都不得擅自变更合同。由于合同签订的特殊性，有些合同需要有关部门的批准或登记，对于此类合同的变更需要重新登记或审批。
当事人一方应向对方提出变更合同的要约(先做出意思表示);对方对要约的承诺与否(是否完全同意要约的内容);双方在没有达成新的协议之前，单方面变更合同属违约行为。
新的协议未达成之前，原合同仍然有效(变更解除的电报、图表、书信等也应作为资料保管)。
对于合同双方在履行各自的合同义务时，需要对合同的内容进行变更的，应当严格按照法律上规定的程序来进行处理，特别是涉及到造成了严重的合同变更情况的，还需要对一方是否存在违约的行为进行认定，存在违约的是需要追究相关法律责任的。
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