有效。但是如果从法律风险上说，不建议扫描公章，以防发生纠纷的时候难以证明证明公章的可靠性，从而不能保障当事人的权益。
从证据角度来说，扫描件是图片，作为复印件的形式存在，从技术上可以被篡改，因此单单扫描件的证明效力是很低的，除非对方对扫描件认可，否则需要提供其它相关证据进行佐证，形成证据链条，扫描件才能作为定案证据，从而具有较高证明效力。扫描件相当于复印件，仅凭此去打官司是很难得到法院支持。
法律依据：
《民事诉讼法》第七十条 书证应当提交原件。物证应当提交原物。提交原件或者原物确有困难的，可以提交复制品、照片、副本、节录本。 提交外文书证，必须附有中文译本。
延伸阅读：
欠条可以打印吗,打印的欠条有效力吗
