担保合同作为一种民事合同，《民法通则》和《合同法》中关于民事行为或合同无效原因而不生法律效力的规定，同样适用于担保合同。根据《民法通则》、《合同法》、《担保法》的有关规定，主合同有效，担保合同无效的情形主要有如下几种：
1.国家机关不得为担保人。否则，担保合同无效。但应当明确的是，国家机关既包括各级党委机关、政府机关、人大机关、政协机关，又包括各级人民法院、人民检察院。
2.学校、幼儿园、医院等以公益为目的的事业单位不得为担保人。但是，应当明确的是，这些单位以其教育设施、医疗卫生设施和其他社会公益设施以外的财产为自身债务设定抵押的，人民法院可以认定抵押有效。
3.企业法人的分支机构、职能部门未经法人授权不得为担保人，否则，担保合同无效。
4.无民事行为能力人不得为担保人。
5.限制民事行为能力人所提供的担保，非为其法定代理人同意或事后追认，则担保不生效力。
6.法人的法定代表人或其他组织的负责人超越权限订立的担保合同，若相对人知道或者应当知道其超越权限，则担保合同无效。否则，担保合同有效。
(二)当事人恶意串通签订的损害国家、集体或第三人利益的担保合同，应为无效合同。
(三)一方以欺诈、胁迫的手段，使对方在违背真实意思的情况下签订损害国家利益的担保合同，应为无效合同。但依据《担保法》第三十条第二项的规定，“主合同债权人采取欺诈、胁迫等手段，使保证人在违背真实意思的情况下提供保证的”，保证合同无效。
在司法实践中，主合同债务人采取欺诈、胁迫等手段，使担保人在违背真实意思的情况下提供担保的，担保合同是否有效?根据《担保法解释》第四十条的规定，主合同债务人采取欺诈、胁迫等手段，使保证人在违背真实意思的情况下提供保证的，债权人知道或者应当知道欺诈、胁迫事实的，按照《担保法》第三十条的规定处理，即担保合同无效，担保人不承担民事责任。
(四)担保合同内容违反法律、行政法规强制性规定和社会公共利益的，应为无效担保合同。如：
《担保法解释》第五条所规定的“以法律、法规禁止流通的财产或者不可转让的财产设定担保的，担保合同无效”。《担保法解释》第六条的规定可谓根据公序良俗原则就对外担保问题作出的司法解释。未经有关主管部门批准的对外担保行为，属于违反公序良俗的行为。
(五)代理人超越代理权限签订担保合同或者以被代理人名义同自己或自己代理的其他人签订担保合同，被代理人不予追认，也不能构成表见代理的，其担保合同对被代理人不生效力，由行为人承担责任。
