1、网上注册。申请人应将本单位的营业执照和机构代码证的原件副本、写有联系人姓名、联系电话、电子邮箱、邮编和企业税务登记号的复印件提交给区科委技术市场管理办公室进行注册，区科委技术市场管理办公室审核信息无误后，为申请人开通登记用户。
2、填写技术合同文本。申请人凭用户名和密码登录上海技术市场管理办公室网站，找到技术合同示范文本的电子模板，按格式条款填报。
3、合同打印盖章。合同内容要求双面进行打印(复印)，并加盖公司骑缝章。企业盖章页与登记认定页，合为正反面一页。合同双方公司盖章、双方法人代表签字或盖章。
4、认定登记。申请人网上登录后进行技术合同信息的相关内容填报并提交，同时将书面技术合同文本，送达区科委技术市场管理办公室，进行认定登记。
5、合同审核。技术开发和技术转让合同经区科委技术市场管理办公室初审后，申请人还须将技术合同文本送达上海市技术市场管理办公室进行审核盖章。
6、税务部门流程：提交相关材料到税务部门办理免税手续。
1. 免征增值税。纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务，免征增值税。转让方或开发方须开具增值税普通发票。
2. 减免所得税。居民企业的年度技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税;超过500万元的部分，减半征收企业所得税。专利申请权转让、技术秘密转让不享受所得税减免。
3. 研发费用加计扣除。委托开发和合作开发项目的合同经认定登记后，企业委托外部机构或个人进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方(甲方)研发费用并计算加计扣除;合作开发项目由合作各方就自身实际承担的研发费用分别计算加计扣除。
4. 奖酬金。高校、科研院所和医疗卫生机构等研究机构开展技术开发、技术转让、技术咨询、技术服务等活动，合同经认定登记后，可按有关文件规定提取奖酬金，奖酬支出不纳入事业单位绩效工资总量。
5. 科技政策。技术合同认定登记额作为本市科技成果转化服务体系建设单位申报与绩效评估的主要依据;作为高新技术成果转化认定项目单位开放式创新能力评价的主要依据;可作为高企认定“技术性收入”评判等的辅助佐证。
综合上面所说的，技术合同在生效了之后就可以按规定进行认定登记，但前提一定要符合法律所规定的条款，而且还需要按流程来进行办理，认定登记成功，那么就可以依法的进行备案，只要获得法律的认可，那么就可以享受到国家相关的福利待遇。
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