1、法院原则上只处理民事法律关系
有购房者以阴阳合同为由到法院起诉，要求确认合同无效。而法院审理的结果很可能是认定双方真实意思表示的交易内容有效。这时，主张无效的一方往往无法接受，指责法院对违法行为不理不管。
实际上，司法机关和其他国家机关维护法律也是各有职责分工的。追缴税款应该由税务机关来负责。从民事诉讼的角度讲，法院审理双方的房屋买卖纠纷，还是以认定买卖关系本身是否合法、是否应支持或驳回一方的诉求为主。通常，法院就是这么处理的。
2、避税的违法的两种曝光途径
从实践来看，阴阳合同避税的违法手段，目前基本处于民不举、官不究的状态，但一旦曝光到税务部门，肯定是处理的。
当事人自己当然可以向税务部门举报。除此之外，由于法律规定法院在审理中发现违法犯罪行为，可以通知相关职能部门处理，所以，也不排除法院会以司法建议等通知相关主管机构。
大多数法院在处理此类案件时，通常不会主动把线索反馈给税务部门，还是以处理民事法律关系为界限。但是，也确实有些法院会针对一些案件发司法建议书给房管和税务部门。这个事情，做与不做，由法院来决定。
3、避税行为被曝光的后果
所谓避税是好听的说法，实际上是逃税的违法行为。如果有人将二手房阴阳合同的事情举报给税务部门，或者法院发了相关的司法建议书，那么这个避税的违法行为，就面临被处理。
后果有多种可能：最低限度也要由买卖双方按实际交易价格补缴税款，谁也占不了便宜。如果往严重了说，对该行为处以罚款、拘留等行政处罚甚至追究刑事。
为了降低交易成本、逃避税费，买卖双方往往会签订两份交易价格不同的合同。真实的交易价格比较高，但并不提交到税务和房管部门，而是把另一份交易价格比较低的合同备案网签，并按比较低的价格缴纳税费。
签订阴阳合同为了逃税，这当然是违法的。以避税为目的签订的相关条款法律上是无效的，但是，并不能因此直接导致双方所签订的买卖合同无效。
因为双方的房屋买卖行为本身并不违法，双方达成的交易价格也不违法，违法的只是双方在买卖过程中达成的避税条款。在这个法律关系中，买卖合同是基础，避税条款只是履行买卖合同中的环节之一。避税条款违法无效，并不能直接导致整个买卖合同无效。
因此，如果双方因阴阳合同为由发生纠纷，没有特殊情况和约定的话，以此为由是无法认定合同整体无效，或因此解除合同的。
综上所述，针对阴阳合同走法律程序会怎么判的这个问题，答案是显而易见的，那就是法院原则上只处理民事法律关系，换句话说，法院当然是会认定违法的，但是这并不能导致双方所签订的合同就一定是无效的。
延伸阅读：
根据《民法典》第一百五十六条，民事法律行...
对买方而言存在以下风险：1、真实意思认定...
