与代理合同相比，首先，行纪合同是以自己的名义为法律行为，而代理合同是以被代理人的名义为法律行为。因此，行纪合同的法律效果直接归属于行纪人，间接归属于委托人。
其次，通常情况下，行纪人从事的是贸易行为，而代理人的行为则不限于贸易行为。
最后，行纪合同多为有偿行为，而代理合同则包括无偿代理。与代理不同，行纪人与第三人订立合同产生的权利、义务要由行纪人自己承受，委托人与第三人之间不直接发生法律上的权利义务关系。所以，行纪人的风险比代理人大得多。正因为 如此，代理人的代理活动可以有偿，也可以无偿;代理人可以是法人，也可以是公民个人。而行纪人的活动都是有偿的，并且从事行纪活动的，一般要求是能够承担风险，有法人资格的组织。
1、行纪合同主体的限定性。在我国，行纪合同的委托人可以是法人或者其他组织，并无太多限制。但行纪人只能是经批准经营行纪业务的法人、自然人或其他组织，法律往往对行纪人的资格、业务范围有严格的限制并对其业务活动实施专门的监督和管理。
2、行纪合同的标的具有特定性。行纪合同属于提供劳务类合同，由行纪人为委托人从事贸易活动，但其所提供的劳务具有特定性，各国基本都规定为物品的买进或卖出，且限于动产范围之内，不动产贸易不属于行纪范畴。我国《民法典》将行纪合同的标的规定为”从事贸易的活动“，实践中多指动产、有价证券的买卖以及其他商业上具有交易性质的行为，如代购、代销、寄售等。
3、行纪人以自己的名义为委托人办理委托事务。行纪合同中的行纪人在为委托人从事贸易活动时，以自己的名义与第三人发生法律关系的。虽然处理事务的结果最终归于委托人承受，但行纪人是以独立的主体资格与第三人订立合同，无须向第三人披露自己与委托人的委托关系，对该合同直接享有权利、承担义务，第三人不履行义务致使委托人受到损害的，行纪人应当承担损害赔偿责任，这也是合同的相对性原则使然。相应地，委托人与第三人之间一般不存在直接的权利义务关系，委托人无须支付与第三人的磋商、资信调查成本。这是行纪合同最重要的法律特征，也是其得以蓬勃发展的根源所在。四、行纪人是为委托人的利益办理事务。虽然行纪人是以自己的名义与第三人进行交易，但交易所产生的权利义务最终归属于委托人承受，行纪人为其买入或卖出的商品或有价证券的所有权属于委托人，
行纪合同和代理合同都是指的三方当事人之间的关系，并且都是属于为他人进行活动，行纪合同一般是用行纪人自己的名义来从事贸易的活动，而代理合同一般用的是被代理人的名义来从事活动，并且从事的活动更加广泛。
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